Bioinformatics algorithms

Der Inselalgorithmus ist ein Algorithmus zur Durchführung von Inferenzanalysen auf Hidden-Markov-Modellen oder deren Verallgemeinerung, den dynamischen Bayes'schen Netzen .

In der Bioinformatik ist Neighbor Joining eine Bottom-up- Clustering- Methode (agglomerativ) zur Erstellung phylogenetischer Bäume , die 1987 von Naruya Saitou und Masatoshi Nei entwickelt wurde.

Die Quartettdistanz ist eine Methode zur Messung des Abstands zwischen zwei phylogenetischen Bäumen .

Die Robinson-Foulds- oder symmetrische Differenzmetrik , oft abgekürzt als RF-Distanz , ist eine einfache Methode zur Berechnung der Distanz zwischen phylogenetischen Bäumen .

SAMtools ist eine Sammlung von Hilfsprogrammen zur Interaktion mit und Nachbearbeitung von kurzen DNA-Sequenz-Alignments in den Formaten SAM (Sequence Alignment/Map), BAM (Binary Alignment/Map) und CRAM .

SCHEMA ist ein Computerprogramm, das im Protein-Engineering eingesetzt wird, um Proteinfragmente (sogenannte Schemata ) zu identifizieren , die rekombiniert werden können , ohne die Integrität der dreidimensionalen

In der Bioinformatik bezeichnet man als Sequenzalignment die Anordnung von DNA- , RNA- oder Proteinsequenzen, um Ähnlichkeitsbereiche zu identifizieren, die auf funktionelle, strukturelle oder evolutionäre Beziehungen

UPGMA ( Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean ) ist eine einfache agglomerative (Bottom-up) hierarchische Clustering- Methode.