EmBiology (ehemals EMBiology) ist ein webbasiertes Software-as-a-Service- Tool von Elsevier , mit dem Forscher biologische Beziehungen zwischen Entitäten wie Genen , Proteinen und Zellen visualisieren können . [ 1 ]
EmBiology wurde 2023 eingeführt und durchsucht einen biologischen Wissensgraphen mit 1,4 Millionen Entitäten, die durch 15,7 Millionen Beziehungen miteinander verbunden sind. [ 1 ] Es verwendet ein Sankey-Diagramm zur Visualisierung der Suchergebnisse und zeigt Textausschnitte aus relevanter wissenschaftlicher Literatur an .
Vorherige Version
EmBiology wurde ursprünglich 2005 als EMBiology als bibliografische Datenbank für die Lebenswissenschaften in einer Partnerschaft mit Ovid Technologies als kleinere Version von Embase ins Leben gerufen . [ 2 ]
Inhaltsabdeckung
Zu den Datenquellen von EmBiology gehören: [ 3 ]
- 7,2 Millionen PubMed- Abstracts
- 430.000 von Clinicaltrials.gov
- 7,2 Millionen Volltextartikel aus 936 Elsevier-Zeitschriften und 939 Zeitschriften anderer Verlage
Biologische Konzepte
Die folgenden biologischen Konzepte sind in EmBiology enthalten: [ 4 ]
| Konzept | Beschreibung |
|---|---|
| Drogen und Chemikalien | Natürlich vorkommende Metaboliten, kleine Moleküle, die in Zellen vorkommen, Arzneimittel (einschließlich kleiner Moleküle und Biologika) |
| Krankheiten | Gesundheitszustände und Krankheitsbezeichnungen |
| Proteine | Beinhaltet sowohl Gene als auch deren Genprodukte, einschließlich Proteine und miRNAs. |
| Funktionale Klassen | Proteinklassen basierend auf der biologischen Funktion |
| Proteinkomplexe | Ein oder mehrere Polypeptide, die über physikalische Wechselwirkungen einen Komplex bilden |
| Genetische Variante | Varianten, die über SNPID und Text durchsucht werden können |
| Zellen | Säugetierzelltypen und Zelllinien |
| Zellprozess | Biologische Prozesse (z. B. Apoptose, Entzündung) |
| Organe | Säugetierorgantypen |
| Gewebe | Säugetiergewebetypen |
| Viren | Ein Erreger, der Infektionskrankheiten verursacht |
| Klinischer Parameter | Gemessene Parameter des menschlichen Körpers, die in der klinischen Praxis verwendet werden |
| Behandlung | Nichtchemische Behandlungen und Umweltbedingungen |
| Zellobjekt | Organellen, Zellstrukturkomponenten |
Biologische Beziehungen
Die folgenden biologischen Beziehungen sind in EmBiology enthalten [ 5 ].
| Beziehung | Beschreibung | Beispiel |
|---|---|---|
| Ausdruck | Verändert die Proteinmenge, indem es die Transkriptmenge oder die Proteinstabilität beeinflusst. | MDM2 weist eine negative "Expression"-Beziehung zu TP53 auf. |
| miRNA-Effekt | Hemmende Wirkung einer miRNA auf ihr mRNA-Zielmolekül | miR-30 weist eine negative „miRNA-Effekt“-Beziehung zu TP53 auf. |
| Promotorbindung | Bindet an den Promotor eines Gens | FOXC1 weist eine positive "PromoterBinding"-Beziehung zu MMP7 auf. |
| Verordnung | Verändert die Aktivität durch einen unbekannten Mechanismus (kann direkt oder indirekt sein) | SOCS3 weist eine positive „Regulationsbeziehung“ zu Diabetes mellitus auf. |
| Direkte Regulierung | Beeinflusst die Aktivität durch direkte physikalische Interaktion | BRCA1 hat eine „direkte Regulierungsbeziehung“ zu BARD1. |
| Bindung | Direkte physikalische Wechselwirkung zwischen zwei Molekülen | FANCD2 hat eine "bindende" Beziehung zu BRCA1 |
| Proteinmodifikation | Verändert die Modifikation des Zielmoleküls, üblicherweise durch direkte Interaktion | SRC unterhält eine „ProtModification“-Beziehung zu GRB2. |
| Biomarker | Identifizierung von Proteinen/Komplexen/Funktionsklassen/Metaboliten, die als prognostische oder diagnostische Biomarker für eine Krankheit dienen. | Lungenkrebs weist eine „Biomarker“-Beziehung zu IL6 auf. |
| Genetische Veränderungen | Genetische Veränderungen wie Gen-Deletionen, -Amplifikationen, -Mutationen oder epigenetische Veränderungen | Lungenkrebs weist eine „genetische Veränderungsbeziehung“ zu ALK auf. |
| Quantitative Veränderung | Veränderungen in der Häufigkeit/Aktivität/Expression eines Gens/Proteins/kleinen Moleküls im Krankheitszustand | Brustkrebs weist eine positive quantitative Veränderungsbeziehung zu AGK auf. |
| Zustandsänderung | Veränderungen im posttranslationalen Modifikationsstatus eines Proteins oder alternative Spleißereignisse | Brustkrebs weist eine „Zustandsänderungs“-Beziehung zum Östrogenrezeptor auf. |
| Funktionsassoziation | Zwischen einer Krankheit und einem zellulären Prozess oder einer anderen Krankheit | Chronische Pankreatitis hat eine funktionelle Beziehung zu Bauchspeicheldrüsenkrebs. |
| Chemische Reaktion | Entweder enzymkatalysierte oder spontane chemische Reaktion | CYP3A hat eine „chemische Reaktionsbeziehung“ mit Ticagrelor |
| Molekularsynthese | Verändert die Konzentration des Zielmoleküls | CYP3A hat eine „MolSynthese“-Beziehung zu Midazolam |
| Molekularer Transport | Verändert die Lokalisierung des Ziels | Tamoxifen weist eine positive „MolTransport“-Beziehung zu MAPK3 auf. |
| Klinische Studie | Klinische Studien zur Erforschung eines Medikaments gegen eine Krankheit (Quelle: CT.gov) | Tamoxifen zeigte in klinischen Studien einen positiven Zusammenhang mit Brustkrebs. |
| Zellexpression | Expression von Proteinen innerhalb oder auf der Oberfläche einer Zelle | Hepatozyten weisen eine „Zellexpressions“-Beziehung zu EGFR auf. |
Referenzen
- ^ a b „Elsevier bringt EmBiology auf den Markt, um beispiellose Einblicke in biologische Aktivitäten zu liefern, die die Arzneimittelentwicklung beschleunigen . “ elsevier.com . Abgerufen am 18.09.2023 .
- ^ Beschreibung von EMBiology „Ovid und Elsevier geben exklusive Partnerschaft bekannt…“ (Online) . Ovid Technologies, Inc. 2005. Abgerufen am 30.01.2011 .Pressemitteilung
- ^ „Biologische Daten strukturiert für Erkenntnisse | EmBiology | Elsevier“ . beta.elsevier.com . Abgerufen am 18.09.2023 .
- ^ „Welche biologischen Konzepte sind in EmBiology enthalten? – EmBiology Support Center“ . service.elsevier.com . Abgerufen am 18.09.2023 .
- ^ „Welche biologischen Beziehungen werden in EmBiology extrahiert? – EmBiology Support Center“ . service.elsevier.com . Abgerufen am 18.09.2023 .