Die Datenbank „Families of Structurally Similar Proteins“ ( FSSP) enthält strukturell überlagerte Proteine, die mithilfe des „Distance-matrix ALIgnment“ -Algorithmus (DALI) erstellt wurden . Sie umfasst derzeit für jede der 330 repräsentativen Proteinketten eine erweiterte Strukturfamilie. Jeder Datensatz enthält Strukturvergleiche einer Suchstruktur mit allen anderen strukturell signifikant ähnlichen Proteinen des jeweiligen repräsentativen Datensatzes (entfernte Homologe, < 30 % Sequenzidentität) sowie mit allen Strukturen der Proteindatenbank (PDB) mit 70–30 % Sequenzidentität relativ zur Suchstruktur (mittlere Homologe). Sehr nahe Homologe (über 70 % Sequenzidentität) werden ausgeschlossen, da sie selten deutliche Strukturunterschiede aufweisen. Die Vergleiche entfernter Homologe basieren auf paarweisen Strukturvergleichen aller 330 repräsentativen Proteinketten. Diese Vergleiche basieren ausschließlich auf den 3D-Koordinaten der Proteine ​​und werden durch automatische (objektive) Strukturvergleichsprogramme durchgeführt. Die Signifikanz der Strukturähnlichkeit wird anhand statistischer Kriterien bestimmt. Die FSSP-Datenbank ist elektronisch über den EMBL-Dateiserver und per anonymem FTP (File Transfer Protocol) verfügbar. [ 1 ] Die Datenbank ist hilfreich für den Vergleich von Proteinstrukturen .

Siehe auch

Referenzen

  1. Holm L, Ouzounis C, Sander C, Tuparev G, Vriend G (1992). „Eine Datenbank von Proteinstrukturfamilien mit gemeinsamen Faltungsmotiven“ . Protein Science . 1 (12): 1691–1698 . doi : 10.1002/pro.5560011217 . PMC  2142138. PMID  1304898 .