Internationales Komitee für die Taxonomie von Viren

Das Internationale Komitee für die Taxonomie von Viren ( ICTV ) autorisiert und organisiert die taxonomische Klassifizierung und Nomenklatur von Viren . ^{[ 1 ] [ 2 ] [ 3 ]} Das ICTV entwickelt ein universelles taxonomisches Schema für Viren und verfügt somit über die Mittel, jedes Virustaxon angemessen zu beschreiben, zu benennen und zu klassifizieren. Die Mitglieder des Internationalen Komitees für die Taxonomie von Viren gelten als Experten auf dem Gebiet der Virologie . ^{[ 4 ]} Das ICTV ging aus der Virologischen Abteilung der Internationalen Union der Mikrobiologischen Gesellschaften hervor und wird von dieser geleitet . ^{[ 5 ]} Detaillierte Arbeiten, wie die Identifizierung neuer Taxa und die Abgrenzung von Arten, Gattungen, Familien usw., werden typischerweise von Expertengruppen der jeweiligen Virusfamilien durchgeführt. ^{[ 2 ]}

Das Internationale Komitee für die Nomenklatur von Viren (ICNV) wurde 1966 auf dem Internationalen Mikrobiologiekongress in Moskau gegründet, um die Benennung von Virustaxa zu standardisieren. ^{[ 6 ]} Das ICNV veröffentlichte seinen ersten Bericht 1971. ^{[ 6 ]} Für Viren, die Wirbeltiere infizieren , umfasste der erste Bericht 19 Gattungen, 2 Familien und weitere 24 nicht klassifizierte Gruppen. ^{[ 7 ]}

Das ICNV wurde 1974 in International Committee on Taxonomy of Viruses umbenannt. ^{[ 6 ]}

Die Organisation ist in einen Vorstand unterteilt, der aus Mitgliedern und Vorstandsmitgliedern mit festgelegten, gewählten Positionen sowie direkt ernannten Leitern von sieben Unterausschüssen besteht. Jeder Unterausschussleiter wiederum ernennt zahlreiche „Studiengruppen“, die jeweils aus einem Vorsitzenden und einer variablen Anzahl von Mitgliedern bestehen und sich der Taxonomie eines bestimmten Taxons, wie beispielsweise einer Ordnung oder Familie, widmen. Diese Struktur lässt sich wie folgt veranschaulichen: ^{[ 8 ]}

Exekutivkomitee

• Präsident
• Vizepräsident
• Sekretärinnen
  • Wirtschaftssekretär
  • Sekretär für Vorschläge
  • Datensekretär
• Vorsitzende – Positionen: 7 (einer für jeden Unterausschuss)
• Gewählte Mitglieder – Positionen: 11

Unterausschüsse

• Unterausschuss für tierische DNA- Viren und Retroviren – Studiengruppen: 18
• Unterausschuss für tierische dsRNA- und ssRNA-Viren – Studiengruppen: 24
• Unterausschuss für tierische ssRNA+-Viren – Studiengruppen: 16
• Unterausschuss für bakterielle Viren – Studiengruppen: 20
• Unterausschuss für Archaeenviren – Studiengruppen: 11
• Unterausschuss für Pilz- und Protistenviren – Studiengruppen: 12
• Unterausschuss für Pflanzenviren – Studiengruppen: 22

Die Ziele des Internationalen Komitees für die Taxonomie von Viren sind: ^{[ 9 ] : §3}

1. Ziel ist die Entwicklung einer international abgestimmten Taxonomie für Viren.
2. Um international vereinbarte Namen für Virustaxa festzulegen.
3. Die getroffenen Entscheidungen bezüglich der Klassifizierung und Nomenklatur von Viren sollen den Virologen durch die Abhaltung von Treffen und die Veröffentlichung von Berichten mitgeteilt werden.
4. Zur Führung eines offiziellen Verzeichnisses vereinbarter Namen von Virustaxa.
5. Um die Auswirkungen des Virus in der modernen Gesellschaft und sein Verhalten zu untersuchen.

Die wesentlichen Grundsätze der Virusnomenklatur des ICTV lauten: ^{[ 10 ] : §2.1}

• Stabilität
• Um die Verwendung von Namen zu vermeiden oder abzulehnen, die zu Fehlern oder Verwirrung führen könnten.
• Um die unnötige Erstellung von Namen zu vermeiden

Das universelle Virusklassifizierungssystem des ICTV verwendet eine leicht modifizierte Version des Standard -Klassifizierungssystems für biologische Organismen. Es berücksichtigt lediglich Taxonordnung , Familie, Unterfamilie, Gattung und Art. Ist die Zuordnung einer Art zu einer Gattung unklar, die zu einer Familie jedoch eindeutig, wird sie als nicht zugeordnete Art dieser Familie klassifiziert. Viele Taxa bleiben unklassifiziert. In GenBank finden sich zudem Sequenzen, die 3.142 „Arten“ zugeordnet sind, welche im ICTV-Bericht nicht berücksichtigt werden (aufgrund der Funktionsweise von GenBank ist die tatsächliche Anzahl korrekter Arten jedoch wahrscheinlich deutlich geringer). ^{[ 2 ]} Es ist zu erwarten, dass die Anzahl nicht identifizierter Virussequenzen mit der rasant steigenden Sequenzierungsrate von Viren weiter zunimmt. ^{[ 2 ]} Im Jahr 2017 befürwortete das ICTV einen Vorschlag zur Anpassung der Virusklassifizierung, um mit dem Wachstum der verfügbaren Sequenzen besser Schritt halten zu können. ^{[ 11 ]}

Das ICTV hat seit seiner Gründung im Jahr 1962 bemerkenswerte Stabilität erreicht. So waren beispielsweise alle in den 1980er Jahren anerkannten Gattungen und Familien auch im Jahr 2005 noch in Gebrauch. ^{[ 2 ]}

Vorschläge für neue Namen, Namensänderungen sowie die Einrichtung und taxonomische Einordnung von Taxa werden vom Vorstand des ICTV in Form von Anträgen behandelt. Alle relevanten Unterausschüsse und Arbeitsgruppen des ICTV werden vor einer Entscheidung konsultiert. ^{[ 10 ] : §3.8,3.19}

Der Name eines Taxons hat erst dann offiziellen Status, wenn er vom ICTV genehmigt wurde. Namen werden nur akzeptiert, wenn sie mit anerkannten hierarchischen Taxa verknüpft sind. ^{[ 10 ] : §2.4,3.7} Wird kein geeigneter Name für ein Taxon vorgeschlagen, kann das Taxon genehmigt werden, wobei die Namensgebung bis zur Annahme eines international akzeptablen Namens unbestimmt bleibt, sobald ein solcher dem ICTV vorgeschlagen und von diesem angenommen wurde. Namen dürfen keine Bedeutung für das Taxon vermitteln, die den Eindruck erweckt, Viren, die rechtmäßig zu diesem Taxon gehören, oder Mitglieder, die möglicherweise eines Tages zu diesem Taxon gehören, auszuschließen oder Viren einzuschließen, die zu anderen Taxa gehören. ^{[ 10 ] : §3.17}

Für die Virologie gibt es kein Prioritätsprinzip , sodass ein bereits gebräuchlicher Name nicht durch die Inanspruchnahme von Priorität ungültig gemacht werden kann. ^{[ 10 ] : §3.10}

Seit 2020 ^{[ 12 ]} schreibt der Viral Code die Verwendung binärer Namen für neue Arten vor: eine Gattung gefolgt von einem Artnamen. ^{[ 10 ] : §3.21} Ein Artname muss eine hinreichend eindeutige Identifizierung der Art ermöglichen. ^{[ 10 ] : §3.22}

Zuvor galt ein liberaleres Benennungssystem: Ein Artname sollte so kurz wie möglich sein, durfte aber nicht nur aus dem Wirtsnamen und dem Wort „Virus“ bestehen . Zahlen, Buchstaben oder Kombinationen davon konnten als Artbezeichnungen verwendet werden, sofern diese bereits weit verbreitet waren. Neu vergebene Seriennummern, Buchstaben oder Kombinationen davon waren jedoch allein als Artbezeichnungen nicht zulässig. Bestehende Nummern- oder Buchstabenreihen konnten fortgeführt werden. ^{[ 10 ]}

Eine Virusgattung ist eine Gruppe verwandter Arten, die einige wichtige Eigenschaften gemeinsam haben und sich oft nur in ihrem Wirtsspektrum und ihrer Virulenz unterscheiden. Der Gattungsname muss ein einzelnes Wort sein und auf die Endung -virus enden . Die Anerkennung einer neuen Gattung erfordert die Anerkennung einer Typusart . ^{[ 10 ] : §3.24}

Eine Unterfamilie ist eine Gruppe von Gattungen mit bestimmten gemeinsamen Merkmalen. Das Taxon darf nur dann verwendet werden, wenn es zur Lösung eines komplexen hierarchischen Problems erforderlich ist. Der Name einer Unterfamilie muss ein einzelnes Wort sein, das auf die Endung -virinae endet . [ ^{10 ] : §3.24}

Eine Familie ist eine Gruppe von Gattungen, unabhängig davon, ob diese in Unterfamilien gegliedert sind, die bestimmte gemeinsame Merkmale aufweisen. Ein Familienname muss ein einzelnes Wort sein, das auf die Endung -viridae endet . ^{[ 10 ] : §3.24}

Eine Ordensgemeinschaft ist eine Gruppe von Familien mit bestimmten gemeinsamen Merkmalen. Der Name einer Ordensgemeinschaft muss ein einzelnes Wort sein, das auf die Endung -vires endet . [ ^{10 ] : §3.24}

Die für die Klassifizierung von Viren geltenden Regeln gelten auch für die Klassifizierung von Viroiden . Die formalen Endungen für Taxa von Viroiden lauten: Viroid für Arten, das Suffix -viroid für Gattungen, das Suffix -viroinae für Unterfamilien (sofern erforderlich) und -viroidae für Familien. ^{[ 10 ] : §3.26} Ein ähnliches System wird für Satelliten und Viriforme verwendet, wobei -vir- in den normalen Taxonendungen durch -satellit- bzw. -viriform- ersetzt wird . ^{[ 10 ] : §3.26}

Retrotransposons werden in Klassifizierung und Nomenklatur als Viren betrachtet. Prionen werden nicht als Viren klassifiziert, sondern erhalten eine willkürliche Klassifizierung, die für die jeweiligen Fachgebiete als nützlich erscheint. ^{[ 13 ]}

1. In der formalen taxonomischen Praxis werden die anerkannten Namen von Virusordnungen, Familien, Unterfamilien und Gattungen kursiv gedruckt und die Anfangsbuchstaben der Namen großgeschrieben. ^{[ 14 ]}
2. Artnamen werden kursiv gedruckt und der erste Buchstabe des ersten Wortes wird großgeschrieben. Alle anderen Wörter werden nicht großgeschrieben, es sei denn, es handelt sich um Eigennamen oder Bestandteile von Eigennamen.
3. Im formalen Sprachgebrauch muss der Name des Taxons dem Begriff für die taxonomische Einheit vorangestellt werden.

Das ICTV erkennt die Bedeutung der viralen Metagenomik an und stellt fest, dass aus metagenomischen Daten zusammengesetzte Genome tatsächliche Viren darstellen. Es befürwortet daher deren offizielle Klassifizierung nach denselben Verfahren wie bei Viren, die mit klassischen virologischen Methoden isoliert und charakterisiert wurden. ^{[ 15 ] [ 16 ]}

Das ICTV veröffentlicht seit 1971 etwa zweimal pro Jahrzehnt Berichte zur Virustaxonomie (siehe unten – „Berichte“). Der neunte ICTV-Bericht erschien im Dezember 2011 ^{[ 17 ]} und ist seitdem frei über die ICTV-Website zugänglich ^{[ 18 ]} . Seit 2017 wird der zehnte ICTV-Bericht online auf der ICTV-Website veröffentlicht ^{[ 19 ] [ 20 ]} und ist kostenlos abrufbar. Die einzelnen Kapitel werden fortlaufend aktualisiert. Die Taxonomie ab 2018 ist online verfügbar ^{[ 21 ]} , inklusive einer herunterladbaren Excel-Tabelle mit allen erkannten Arten.

ICTVdb ist eine Datenbank für Arten und Isolate, die als Ergänzung zur ICTV-Taxonomiedatenbank dient. Die Entwicklung von ICTVdb wird seit 1991 vom ICTV unterstützt und war ursprünglich zur Unterstützung der taxonomischen Forschung gedacht. Die Datenbank klassifiziert Viren primär anhand ihrer chemischen Eigenschaften, ihres Genomtyps , ihrer Nukleinsäurereplikation , der von ihnen verursachten Krankheiten, ihrer Vektoren und ihrer geografischen Verbreitung sowie weiterer Merkmale. ^{[ 22 ]}

Die Datenbank wurde an der Australian National University mit Unterstützung der US-amerikanischen National Science Foundation und der American Type Culture Collection entwickelt . Sie verwendet das DELTA -System (Description Language for Taxonomy), einen weltweiten Standard für den Austausch taxonomischer Daten, der von der australischen Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation (CSIRO) entwickelt wurde. DELTA kann eine Vielzahl von Daten speichern und in eine für traditionelle Berichte und Webpublikationen geeignete Sprache übersetzen. Beispielsweise enthält ICTVdB selbst keine Genomsequenzinformationen, kann aber DELTA-Daten in das NEXUS-Format konvertieren. ^{[ 23 ]} Sie kann auch große Datenmengen verarbeiten und eignet sich für die Zusammenstellung langer Listen von Viruseigenschaften, Textkommentaren und Bildern.

ICTVdB hat sich konzeptionell und leistungsfähig zu einer wichtigen Referenzressource und einem bedeutenden Forschungsinstrument entwickelt; 1999 verzeichnete es über 30.000 kombinierte Online-Zugriffe pro Tag von seiner Hauptseite an der Australian National University und zwei Spiegel-Websites in Großbritannien und den Vereinigten Staaten. ^{[ 24 ]}

2011 beschloss das ICTV, das Projekt ICTVdb und die zugehörige Website einzustellen. Grund dafür war, dass die auf der Website bereitgestellte Taxonomie veraltet war und einige Informationen aufgrund von Problemen bei der Datenbankabfrage und -verarbeitung für die Ausgabe in natürlicher Sprache ungenau waren. Das ICTV erörterte Möglichkeiten zur Behebung dieser Probleme, entschied jedoch, dass der Zeitrahmen für Aktualisierungen und Fehlerkorrekturen zu lang sei, um die Abschaltung der Website der Verbreitung ungenauer Informationen vorzuziehen. ^{[ 25 ]} Stand August 2013 war die Datenbank weiterhin inaktiv. ^{[ 3 ]} Einigen Meinungen zufolge sollte das ICTV die Nutzung einer öffentlichen Datenbank als Ersatz für die ICTV-Datenbank als Speicherort für die primären Metadaten einzelner Viren fördern und Zusammenfassungen der ICTV-Berichte in dieser Datenbank veröffentlichen, um sie frei zugänglich zu machen. ^{[ 3 ]} Die Datenbank wurde 2017 wieder in Betrieb genommen. ^{[ 20 ]}

• Viren, Internationales Komitee für die Nomenklatur von; Wildy, Peter (1971). Klassifizierung und Nomenklatur von Viren . 1. Bericht. Vergriffen .
• Viren, Internationales Komitee für Taxonomie von; Fenner, Frank (1976). Klassifizierung und Nomenklatur der Viren . 2. Bericht. ISBN 978-3805524186Die
• Viren, Internationales Komitee für Taxonomie von; Matthews, Richard Ellis Ford; Sektion Virologie, Internationale Vereinigung Mikrobiologischer Gesellschaften (1979). Klassifizierung und Nomenklatur von Viren . 3. Bericht. ISBN 978-3805505239Die
• Ellis, Richard; Matthews, Ford (Hrsg.). (1982). Klassifizierung und Nomenklatur von Viren . 4. Bericht. Karger. S. 199. ISBN 9783805535571Die
• Viren, Internationales Komitee für Taxonomie von; Francki, RI B (1991). Klassifizierung und Nomenklatur der Viren . 5. Bericht. ISBN 978-3211822869Die
• Murphy, Frederik A. (1995). Virustaxonomie: Klassifizierung und Nomenklatur von Viren . 6. Bericht. ISBN 978-3211825945Die
• Viren, Internationales Komitee für die Taxonomie von; Van Regenmortel, MH V; Fauquet, C. M; Bishop, DH L (2000). Virustaxonomie: Klassifizierung und Nomenklatur von Viren . 7. Bericht. ISBN 978-0123702005Die
• Fauquet, CM, Hrsg. (2005). Virustaxonomie: Klassifizierung und Nomenklatur von Viren . 8. Bericht. Elsevier/Academic Press. ISBN 978-0080575483Die
• King, Andrew MQ; Lefkowitz, Elliot; Adams, Michael J.; et al., Hrsg. (2011). Virustaxonomie: Klassifizierung und Nomenklatur von Viren . 9. Bericht. Elsevier/Academic Press. S. 1338. ISBN 9780123846846DieAuch online verfügbar. ^{[ 18 ]}
• ICTV 10. (online) Bericht ^{[ 19 ]}

• Glossar der wissenschaftlichen Namensgebung
• Virusklassifizierung
  • Internationaler Code der Virusklassifizierung und -nomenklatur
• Bioinformatik

• Offizielle Website
• „Geschichte der ICTVdB“ (PDF) . Archiviert vom Original (PDF) am 7. September 2006. Abgerufen am 22. Juni 2006 .
• Ressourcenzentrum für virale Bioinformatik
• Gibbs, Adrian J. (9. August 2013). „Die Virustaxonomie braucht eine Generalüberholung; ihre Erkundungsphase ist vorbei . “ Virology Journal . 10 : 254. doi : 10.1186/1743-422X-10-254 . PMC  3751428. PMID  23938184. Zusammenfassung : Das Internationale Komitee für die Taxonomie von Viren ( ICTV) hat kürzlich seine anerkannte Definition einer Virusart geändert und die Arbeit an seiner Datenbank zur Virusbeschreibung eingestellt.