Synthetische Rettung (auch synthetische Wiederherstellung oder synthetische Lebensfähigkeit genannt , wenn ein letaler Phänotyp gerettet wird) ist eine genetische Interaktion, bei der eine Zelle, die aufgrund einer genetischen Mutation nicht lebensfähig, gegenüber einem bestimmten Medikament empfindlich oder anderweitig beeinträchtigt ist, lebensfähig wird, wenn die ursprüngliche Mutation mit einer zweiten Mutation in einem anderen Gen kombiniert wird. Die zweite Mutation kann entweder eine Funktionsverlustmutation (entspricht einem Knockout) oder eine Funktionsgewinnmutation sein .

Der Begriff „synthetische Rettung“ leitet sich von der synthetischen Letalität ab , bei der die Kombination zweier Mutationen zum Zelltod führt (während keine der Mutationen allein letal ist). [ 1 ] Synthetische Rettung ist der umgekehrte Prozess: Anstatt Letalität zu verursachen, schützt die zweite genetische Veränderung den Organismus vor den schädlichen Auswirkungen der ersten. [ 2 ]

Dieses Phänomen tritt in der Hefe Saccharomyces cerevisiae auf , wo eine Deletion des DNA-Helikase-Gens SRS2 die Letalität und die DNA-Reparaturdefekte kompensiert , die durch den Verlust des RAD54-Gens verursacht werden. [ 3 ]

Synthetische Rettung ermöglicht Einblicke in die Funktion der an intragenischen Interaktionen beteiligten Gene. [ 4 ] Synthetische Rettung könnte potenziell auch für die Gentherapie genutzt werden .

Arten der genetischen Unterdrückung, die für die synthetische Rettung relevant sind

Dosisabhängige Suppression

Die Überexpression eines Gens kompensiert eine Funktionsverlustmutation, beispielsweise retten zusätzliche HIS4-Kopien die His4- Auxotrophie in Hefe.

Intergene Suppression

Eine Mutation in einem Gen kompensiert ein anderes; zum Beispiel wird durch die Deletion von SRS2 die Letalität von rad54 Δ in Hefe aufgehoben.

Bypass-Unterdrückung

Eine Suppressormutation aktiviert einen alternativen Signalweg, um einen Defekt zu umgehen, beispielsweise durch die Deletion von EXO1, wodurch cdc13-1 gerettet wird, indem der Telomerabbau in mutierter Hefe gestoppt wird. [ 5 ]

Mögliche Nutzungsmöglichkeiten der synthetischen Rettung

Krebstherapie

Synthetische Rettungsprinzipien bilden die Grundlage für PARP-Inhibitor -Behandlungen bei BRCA -defizienten Tumoren. Während die PARP-Inhibition in Kombination mit dem Verlust von BRCA synthetisch letal ist , zeigen synthetische Rettungsinteraktionen, wie beispielsweise die Wiederherstellung der Lebensfähigkeit durch die Deletion von 53BP1, Resistenzmechanismen und alternative Zielstrukturen auf. [ 6 ]

Biotechnologie & Synthetische Biologie

  • Gezielte Redundanz : In einer Studie wurde eine gezielte Mutation in einen industriellen Hefestamm mit redundanten Stoffwechselwegen eingeführt (ADH2- Rettung einer hitzeempfindlichen Hefe mit Defekt im Sterolstoffwechsel), um die Robustheit des Metabolic Engineering zu verbessern . [ 7 ]
  • Bekämpfung von Antibiotikaresistenzen : Eine weitere Studie ergab, dass E. coli mit recA- Deletionen durch lexA- Mutationen gerettet werden können. Dies liefert wichtige Erkenntnisse für Strategien zur Bekämpfung von Resistenzen durch gezielte Beeinflussung kompensatorischer Netzwerke wie lexA -Mutationen. [ 8 ]

Industrie- und Forschungsinitiativen

Die synthetische Rettung wurde in E. coli durch Deletion von sdhA und Kompensation durch Mutationen in icd entwickelt , um letale Stoffwechselwege zu retten und so den Anwendungsbereich des Genom-Engineerings zu erweitern sowie Plattformtechnologien für eine nachhaltige biochemische Produktion zu entwickeln. [ 9 ]

Siehe auch

Referenzen

  1. ^ Schäffer, Alejandro A.; Chung, Youngmin; Kammula, Ashwin V.; Ruppin, Eytan; Lee, Joo Sang (Januar 2024). „Eine systematische Analyse der Landschaft der durch synthetische Letalität angetriebenen Präzisionsonkologie“ . Med . 5 (1): 73–89.e9. doi : 10.1016/j.medj.2023.12.009 . PMID  38218178 .
  2. ^ Zhu, Sen-Bin; Jiang, Qian-Hu; Chen, Zhi-Guo; Zhou, Xiang; Jin, Yan-ting; Deng, Zixin; Guo, Feng-Biao (08.06.2023). „Mslar: Mikrobielle synthetische tödliche und Rettungsdatenbank“ . PLOS Computational Biology . 19 (6) e1011218. Bibcode : 2023PLSCB..19E1218Z . doi : 10.1371/journal.pcbi.1011218 . ISSN 1553-7358 . PMC 10284384 . PMID 37289843 .   
  3. ^ Wan, Yue; Qu, Kun; Ouyang, Zhengqing; Kertesz, Michael; Li, Jun; Tibshirani, Robert; Makino, Debora L.; Nutter, Robert C.; Segal, Eran; Chang, Howard Y. (26.10.2012). „Genomweite Messung der RNA-Faltungsenergien“ . Molekulare Zelle . 48 (2): 169–181 . doi : 10.1016/j.molcel.2012.08.008 . ISSN 1097-4164 . PMC 3483374 . PMID 22981864 .   
  4. ^ Zhu, Sen-Bin; Jiang, Qian-Hu; Chen, Zhi-Guo; Zhou, Xiang; Jin, Yan-ting; Deng, Zixin; Guo, Feng-Biao (08.06.2023). „Mslar: Mikrobielle synthetische tödliche und Rettungsdatenbank“ . PLOS Computational Biology . 19 (6) e1011218. Bibcode : 2023PLSCB..19E1218Z . doi : 10.1371/journal.pcbi.1011218 . ISSN 1553-7358 . PMC 10284384 . PMID 37289843 .   
  5. ^ Wan, Yue; Qu, Kun; Ouyang, Zhengqing; Kertesz, Michael; Li, Jun; Tibshirani, Robert; Makino, Debora L.; Nutter, Robert C.; Segal, Eran; Chang, Howard Y. (26.10.2012). „Genomweite Messung der RNA-Faltungsenergien“ . Molekulare Zelle . 48 (2): 169–181 . doi : 10.1016/j.molcel.2012.08.008 . ISSN 1097-4164 . PMC 3483374 . PMID 22981864 .   
  6. ^Zlotorynski, Eytan (August 2016). "The dark side of p21". Nature Reviews Cancer. 16 (8): 481. doi:10.1038/nrc.2016.78. ISSN 1474-1768. PMID 27417653.
  7. ^Nelson, Shane R.; Dunn, Andrew R.; Kathe, Scott D.; Warshaw, David M.; Wallace, Susan S. (2014-05-20). "Two glycosylase families diffusively scan DNA using a wedge residue to probe for and identify oxidatively damaged bases". Proceedings of the National Academy of Sciences. 111 (20): E2091–E2099. Bibcode:2014PNAS..111E2091N. doi:10.1073/pnas.1400386111. PMC 4034194. PMID 24799677.
  8. ^Cirz, Ryan T.; Chin, Jodie K.; Andes, David R.; Crécy-Lagard, Valérie de; Craig, William A.; Romesberg, Floyd E. (2005-05-10). "Inhibition of Mutation and Combating the Evolution of Antibiotic Resistance". PLOS Biology. 3 (6) e176. doi:10.1371/journal.pbio.0030176. ISSN 1545-7885. PMC 1088971. PMID 15869329.
  9. ^Ni, Bin; Colin, Remy; Sourjik, Victor (2021-06-18). "Production and Characterization of Motile and Chemotactic Bacterial Minicells". ACS Synthetic Biology. 10 (6): 1284–1291. doi:10.1021/acssynbio.1c00012. ISSN 2161-5063. PMC 8218304. PMID 34081866.