Bioinformatics software

Apache Taverna war ein Open-Source-Softwaretool zum Entwerfen und Ausführen von Workflows .

BioPerl ist eine Sammlung von Perl- Modulen, die die Entwicklung von Perl-Skripten für bioinformatische Anwendungen erleichtern. Es spielte eine zentrale Rolle im Humangenomprojekt .

Biopython ist eine Open-Source- Sammlung nicht-kommerzieller Python- Module für die Computerbiologie und Bioinformatik . Sie stellt Forschern robusten und gut getesteten Code leicht zugänglich zur Verfügung.

DAVID (die Datenbank für Annotation, Visualisierung und integrierte Entdeckung ) ist eine kostenlose Online -Bioinformatik- Ressource, die vom Laboratory of Human Retrovirology and Immunoinformatics ( LHRI ) entwickelt

DreamLab war eine von Freiwilligen entwickelte Android- und iOS- App, die 2015 vom Imperial College London und der Vodafone Foundation ins Leben gerufen wurde . Sie wurde am 2. April 2025 eingestellt.

GeneMark ist die Sammelbezeichnung für eine Familie von Ab-initio -Genvorhersagealgorithmen und Softwareprogrammen, die am Georgia Institute of Technology in Atlanta entwickelt wurden .

In der Bioinformatik wird GLIMMER ( Gene Locator and Interpolated Markov ModelER ) zur Genlokalisierung in prokaryotischer DNA eingesetzt .

Kepler ist ein freies Softwaresystem zum Entwerfen, Ausführen, Wiederverwenden, Weiterentwickeln, Archivieren und Teilen wissenschaftlicher Workflows .

OpenChrom ist eine Open-Source-Software zur Analyse und Visualisierung massenspektrometrischer und chromatographischer Daten.

OrthoFinder ist ein Kommandozeilen- Softwaretool für die vergleichende Genomik . OrthoFinder ermittelt die Korrespondenz zwischen Genen in verschiedenen Organismen (auch bekannt als Orthologieanalyse).

Der Begriff „Pathway“ stammt aus der Molekularbiologie und bezeichnet eine schematische Darstellung eines gut charakterisierten Abschnitts der molekularen physiologischen Maschinerie.

Phred ( Phil ’s Reader ) ist ein Computerprogramm zur Basenbestimmung , d. h. zur Identifizierung einer Nukleobasensequenz anhand von Fluoreszenzdaten, die von einem automatisierten DNA-Sequenzierer mittels

Das Viral Bioinformatics Resource Center ( VBRC ) ist eine Online-Ressource, die Zugang zu einer Datenbank kuratierter viraler Genome und verschiedenen Werkzeugen für die bioinformatische Genomanalyse bietet.

SAMtools ist eine Sammlung von Hilfsprogrammen zur Interaktion mit und Nachbearbeitung von kurzen DNA-Sequenz-Alignments in den Formaten SAM (Sequence Alignment/Map), BAM (Binary Alignment/Map) und CRAM .

TimeTree is a free public database developed by S. Blair Hedges and Sudhir Kumar, now at Temple University, for presenting times of divergence in the tree of life.

TopFIND ( TopFIND ) ist eine integrierte Wissensdatenbank, die sich auf Proteintermini , deren Bildung durch Proteasen und deren funktionelle Implikationen konzentriert .

Der UCSC Genome Browser ist ein Online- und Download- Genombrowser der University of California, Santa Cruz (UCSC).