OpenChrom

OpenChrom ist eine Open-Source-Software zur Analyse und Visualisierung massenspektrometrischer und chromatographischer Daten. ^{[ 4 ]} Der Schwerpunkt liegt auf der Verarbeitung nativer Datendateien verschiedener Massenspektrometriesysteme (z. B. GC/MS , LC/MS , Py-GC/MS , HPLC-MS ) von Herstellern wie Agilent Technologies , Varian , Shimadzu , Thermo Fisher , PerkinElmer und anderen. Seit Kurzem werden aber auch Datenformate anderer Detektortypen unterstützt.

OpenChrom unterstützt ausschließlich die Analyse und Darstellung chromatographischer und massenspektrometrischer Daten. Es bietet keine Funktionen zur Datenerfassung oder Steuerung von Hardware anderer Hersteller. OpenChrom basiert auf der Eclipse Rich Client Platform (RCP) und ist daher für verschiedene Betriebssysteme wie Microsoft Windows , macOS und Linux verfügbar . Es wird unter der Eclipse Public License 1.0 (EPL) vertrieben. Bibliotheken von Drittanbietern sind in separaten Paketen enthalten und werden unter verschiedenen OSI- kompatiblen Lizenzen veröffentlicht.

OpenChrom wurde von Philip Wenig im Rahmen seiner Doktorarbeit an der Universität Hamburg entwickelt . ^{[ 5 ]} Der Schwerpunkt der Arbeit lag auf der Anwendung von Mustererkennungsverfahren auf Datensätze, die mittels analytischer Pyrolyse in Kombination mit Chromatographie und Massenspektrometrie (Py-GC/MS) erfasst wurden. ^{[ 6 ] [ 7 ]}

OpenChrom gewann 2010 den Thomas Krenn Open Source Award ^{[ 8 ]} sowie 2011 den Eclipse Community Award ^{[ 9 ]} . Die Entwickler sind außerdem Gründungsmitglieder der Eclipse Science Working Group ^{[ 10 ]} . Nach der erfolgreichen Kommerzialisierung von Auftragsentwicklung und Dienstleistungen rund um das OpenChrom-Projekt bekräftigte der Anbieter Lablicate sein Engagement für freie/Open-Source-Software mit der Veröffentlichung von ChemClipse im Oktober 2016, das als Basis für alle OpenChrom-Produkte dient ^{[ 11 ] .}

Jeder Systemanbieter speichert die aufgezeichneten Analysedaten in einem eigenen proprietären Format . Dies erschwert den Vergleich von Datensätzen verschiedener Systeme und Anbieter und stellt insbesondere für Ringversuche einen großen Nachteil dar. OpenChrom hat sich zum Ziel gesetzt, eine Vielzahl unterschiedlicher Massenspektrometrie-Datenformate nativ zu unterstützen. ^{[ 12 ]} Gemäß den Richtlinien der Guten Laborpraxis (GLP) stellt OpenChrom sicher, dass die Rohdatendateien nicht verändert werden können . Um Wissenschaftlern die Arbeit zu erleichtern, unterstützt OpenChrom verschiedene offene Formate für den Import und Export der Analyseergebnisse. Zusätzlich bietet OpenChrom ein eigenes Open-Source-Format (*.ocb) an, mit dem sich das bearbeitete Chromatogramm sowie die Peaks und Identifizierungsergebnisse speichern lassen.

• Agilent ChemStation *.D (DATA.MS und MSD1.MS)
• AMDIS-Bibliothek (*.msl)
• Bruker Flex MALDI-MS (*.fid)
• Chromtech (*.dat)
• CSV (*.csv)
• Finnigan (*.RAW)
• Finnigan MAT95 (*.dat)
• Finnigan ITDS (*.DAT)
• Finnigan ITS40 (*.MS)
• Finnigan Element II (*.dat)
• JCAMP-DX (*.JDX)
• Microsoft Excel (*.xlsx)
• mzXML (*.mzXML)
• mzData (*.mzData)
• NetCDF (*.CDF)
• NIST-Text (*.msp)
• Offene Chromatographie Binär (*.ocb)
• Spitzenbeladungen (*.mpl)
• PerkinElmer (*.raw)
• Varian SMS (*.SMS)
• Varian XMS (*.XMS)
• VG MassLab (*.DAT_001;1)
• Shimadzu (*.qgd)
• Shimadzu (*.spc)
• Wasser (*.RAW)
• ZIP (*.zip)
• Agilent ICP-MS (*.icp)
• Finnigan ICIS (*.dat)
• mzML (*.mzML)
• mzMLb (*.mzMLb)
• mz5 (*.mz5)
• mzDB (*.mzDB)
• SVG (*.svg)
• MassHunter (*.D)
• Finnigan ICIS (*.dat)
• MassLynx (*.RAW)
• Galaktische Grams (*.cgm)
• AnIML (*.animl)
• GAML (*.gaml)
• ...

• Agilent FID (*.D/*.ch)
• FID-Text (*.xy)
• NetCDF (*.cdf)
• PerkinElmer (*.raw)
• Varian (*.run)
• Finnigan FID (*.dat)
• Finnigan FID (*.raw)
• Shimadzu (*.gcd)
• Arw (*.arw)
• AnIML (*.animl)
• GAML (*.gaml)
• ...

• Agilent DAD (*.UV/*.ch)
• ABSciex
• Chromulan
• Shimadzu (*.lcd)
• Wasser stärken
• AnIML (*.animl)

• Thermo Galactics (*.spc)
• Thermo Fisher Nicolet (*.spa)
• GAML (*.gaml)

• Bruker OPUS (*.0)

• Spitzenbeladungen (*.mpl)
• NIST -DB (*.msp)
• AMDIS (*.msl)
• AMDIS (*.cal)
• AMDIS (*.ELU)
• MassBank (*.txt)
• SIRIUS (*.ms)

OpenChrom bietet eine Vielzahl von Funktionen zur Analyse chromatographischer Daten:

• Native Verarbeitung chromatographischer Daten (MSD und FID)
• Unterstützung für Stapelverarbeitung
• Basisdetektorunterstützung
• Spitzendetektor, Integratorunterstützung
• Peak-Dekonvolution
• Unterstützung für Peaks und Massenspektrumidentifizierung
• Quantifizierungsunterstützung
• Filterunterstützung (z. B. Massenfragment- und Scan-Entfernung, Rauschunterdrückung, Savitzky-Golay-Glättung , CODA , Backfolding)
• Unterstützung für die Verschiebung der Aufbewahrungszeit
• Unterstützung des Retention-Index
• Chromatogramm-Überlagerungsmodus
• Unterstützung für die Hauptkomponentenanalyse (PCA)
• Unterstützung für Ausführen/ Rückgängigmachen /Wiederherstellen
• Integration von OpenOffice / LibreOffice und Microsoft Office
• Erweiterbar durch Plug-ins
• Analyse des Chromatogramm-Peakmusters
• Unterstützung für Chromatogramm- und Peakdatenbanken
• Update-Unterstützung
• Subtrahieren Sie die Unterstützung der Massenspektren.

Die Software wurde erstmals 2010 veröffentlicht. Jede Version ist nach einem renommierten Wissenschaftler benannt. ^{[ 13 ]} Innerhalb jeder Hauptversion werden wöchentlich neue Versionen veröffentlicht. ^{[ 14 ]}

• Offizielle Website