Die Leiden Open Variation Database (LOVD) ist eine kostenlose, flexible, webbasierte Open-Source -Datenbank, die am Universitätsklinikum Leiden in den Niederlanden entwickelt wurde. Sie dient der Erfassung und Darstellung von Varianten in der DNA-Sequenz . [ 1 ] [ 2 ] Der Fokus der LOVD liegt üblicherweise auf der Kombination zwischen einem Gen und einer genetischen (vererbbaren) Erkrankung . Alle in Individuen gefundenen Sequenzvarianten werden in der Datenbank erfasst, zusammen mit Informationen darüber, ob sie ursächlich mit der Erkrankung in Verbindung stehen (d. h. eine krankheitsverursachende Variante oder Mutation ) oder nicht (d. h. eine nicht krankheitsverursachende Variante). Fachärzte für Humangenetik nutzen die LOVD zur Diagnose und Beratung von Patienten mit einer genetischen Erkrankung. Im Idealfall kann die LOVD, wenn bei einem Patienten eine Mutation gefunden wurde, den Krankheitsverlauf vorhersagen.

Im Gegensatz zu Humangenomdatenbanken, die Informationen zu allen DNA-Varianten enthalten, umfassen LOVDs auch Informationen zu den Personen, bei denen die Varianten gefunden wurden. Diese Patienteninformationen sind in der Regel nur für registrierte Nutzer zugänglich.

Weltweit enthalten die LOVD-Installationen derzeit mehr als 515.500 Variantenbeobachtungen (124.000 einzigartige Varianten in 5175 Genen) bei 162.000 Patienten. [ 3 ]

Hintergrund

Nach Abschluss des Humangenomprojekts gewinnt die Erfassung und Untersuchung aller Sequenzvariationen zwischen Individuen zunehmend an Bedeutung, um den Zusammenhang zwischen DNA-Variationen und Krankheiten zu verstehen. Der direkte Zugriff auf aktuelle Informationen zu Sequenzvariationen wird derzeit am effizientesten über webbasierte, genzentrierte, lokusspezifische Datenbanken (LSDBs) ermöglicht. Obwohl über 1600 dieser LSDBs online verfügbar sind [ 4 ] , gestaltet sich der Informationsaustausch oder die Datenkombination dieser Datenbanken äußerst schwierig, sofern sie nicht softwarebasiert sind oder auf spezieller Software basieren. LOVD ist Mitglied des GEN2PHEN -Projekts, eines von der Europäischen Kommission geförderten Projekts, das die Zusammenführung dieser LSDBs zum Ziel hat [ 5 ] . Aktuell decken LOVD-Installationen 57 % [ 4 ] bis 90 % [ 6 ] aller LSDBs ab.

Die LOVD-Software wurde als „LSDB-in-a-Box“ entwickelt. Sie ermöglicht die einfache Erstellung und Pflege einer Datenbank für Gensequenzvarianten über das Internet. LOVD ist plattformunabhängig und verwendet ausschließlich die Open-Source-Software PHP und MySQL . Das genzentrierte Design der Datenbank folgt den Empfehlungen der Human Genome Variation Society (HGVS) [ 7 ] und legt Wert auf Benutzerfreundlichkeit und Flexibilität. Die neueste LOVD-Version, veröffentlicht Ende 2012, ermöglicht auch die Verarbeitung von Next-Generation-Sequenzierungsdaten , die häufig eine große Anzahl von Varianten zwischen Genen liefern. Um die Verwendung eindeutiger Sequenzvariantenbeschreibungen in neu eingereichten Daten zu gewährleisten, interagiert LOVD mit Mutalyzer [ 8 ]. Mutalyzer wendet die HGVS-Richtlinien zur menschlichen Nomenklatur an , um Sequenzvariantenbeschreibungen zu überprüfen und gegebenenfalls zu korrigieren.

Referenzen

  1. ^ Fokkema, Ivo FAC; Den Dunnen, Johan T.; Taschner, Peter EM (2005). „LOVD: Einfache Erstellung einer lokusspezifischen Sequenzvariationsdatenbank mithilfe eines ‚LSDB-in-a-box‘-Ansatzes“ . Human Mutation . 26 (2): 63–8 . doi : 10.1002 / humu.20201 . PMID  15977173. S2CID  26740911 .
  2. ^ Fokkema, IF; Taschner, PE; Schaafsma, GC; Celli, J; Laros, JF; den Dunnen, JT (Mai 2011). „LOVD v.2.0: die nächste Generation der Genvariantendatenbanken“ . Menschliche Mutation . 32 (5): 557–63 . doi : 10.1002/humu.21438 . PMID 21520333 . S2CID 22316926 .  
  3. ^ Liste der öffentlichen LOVD-Installationen , zuletzt besucht am 08.03.2013
  4. ^ a b Liste aller bekannten ortsspezifischen Datenbanken (LSDBs) von The Waystation. Archiviert am 24.11.2007 in der Wayback Machine , zuletzt besucht am 08.03.2013.
  5. ^ Das Gen2Phen-Projekt: Zukunftsvision – Aktuelle Realität
  6. ^ Liste aller bekannten lokusspezifischen Datenbanken (LSDBs) des LUMC , zuletzt besucht am 08.03.2013
  7. Cotton, RGH; Auerbach, AD; Beckmann, JS; Blumenfeld, OO; Brookes, AJ; Brown, AF; Carrera, P.; Cox, DW; et al. (2008). „ Empfehlungen für lokusspezifische Datenbanken und deren Kuratierung“ . Human Mutation . 29 (1): 2–5 . doi : 10.1002 / humu.20650 . PMC 2752432. PMID 18157828 .  
  8. ^ Wildeman, Martin; Van Ophuizen, Ernest; Den Dunnen, Johan T.; Taschner, Peter EM (2008). „Verbesserung der Beschreibung von Sequenzvarianten in Mutationsdatenbanken und der Literatur mithilfe des Mutalyzer-Sequenzvarianten-Nomenklatur-Checkers“ . Human Mutation . 29 (1): 6–13 . doi : 10.1002/humu.20654 . PMID 18000842. S2CID 24935250 .