Mutalyzer ist ein webbasiertes Softwaretool, das primär zur Überprüfung der Beschreibung von Sequenzvarianten entwickelt wurde, die bei Gentests identifiziert werden . [ 1 ] Mutalyzer wendet die Regeln der Standardnomenklatur für menschliche Sequenzvarianten an und kann Beschreibungen entsprechend korrigieren. Neben der Beschreibung der Sequenzvariante benötigt Mutalyzer einen DNA-Sequenzdatensatz mit der Annotation der Transkript- und Proteinmerkmale als Referenz. Mutalyzer 2 akzeptiert GenBank- und Locus Reference Genomic ( LRG)-Datensätze. Die Annotation wird außerdem verwendet, um die korrekten Codon-Übersetzungstabellen anzuwenden und DNA- und Proteinvariantenbeschreibungen für jeden Organismus zu generieren. Der Mutalyzer-Server unterstützt den programmatischen Zugriff über einen SOAP -Webdienst, der in der Web Services Description Language (WSDL) beschrieben ist, sowie über einen HTTP / RPC -Webdienst mit JSON- Schnittstelle.

Hintergrund

Gentests werden in der Regel bei Familien mit Erbkrankheiten durchgeführt . Jede in einem Gen identifizierte Sequenzvariante kann in Testberichten anhand der Position der Veränderung und des betroffenen Nukleotids oder der Aminosäure beschrieben werden . Nach dieser einfachen Regel könnte beispielsweise eine Deletion des Nukleotids Guanin (G) in einem Abschnitt von vier G-Nukleotiden auf vier verschiedene Arten beschrieben werden, je nachdem, welche Position des Guanins verwendet wird. Obwohl unterschiedliche Beschreibungen die funktionellen Konsequenzen der Veränderung nicht beeinflussen, können sie die Tatsache verschleiern, dass zwei Personen dieselbe Variante tragen, oder die tatsächliche Häufigkeit einer Variante in der Bevölkerung. Die von der Human Genome Variation Society vorgeschlagene Standardnomenklatur für menschliche Sequenzvarianten wurde entwickelt, um dieses Problem zu lösen. [ 2 ] Korrekte Variantenbeschreibungen sollen die Suche nach weiteren Informationen über die funktionellen Konsequenzen in der Literatur und in Genvarianten- oder lokusspezifischen Datenbanken (LSDBs) erleichtern.

Mutalyzer wird von der Leiden Open Variation Database ( LOVD ) verwendet, die Sequenzvarianteninformationen für viele menschliche Gene speichert, um Variantenbeschreibungen vor der Einreichung neuer Daten zu überprüfen. [ 3 ] Dies erleichtert den Datenaustausch, die Darstellung und die Integration mit anderen genetischen Ressourcen (z. B. Ensembl , UCSC Genome Browser , NCBI Sequence Viewer).

Referenzen

  1. ^ Wildeman, Martin; Van Ophuizen, Ernest; Den Dunnen, Johan T.; Taschner, Peter EM (2008). „Verbesserung der Beschreibungen von Sequenzvarianten in Mutationsdatenbanken und der Literatur mithilfe des Mutalyzer-Sequenzvarianten-Nomenklatur-Checkers“. Human Mutation . 29 (1): 6–13 . doi : 10.1002/humu.20654 . PMID  18000842 .
  2. ^ Den Dunnen, Johan T.; Antonarakis, Stylianos E. (2000). „Erweiterungen und Vorschläge zur Beschreibung komplexer Mutationen in der Mutationsnomenklatur: Eine Diskussion“ . Human Mutation . 15 (1): 7–12 . doi : 10.1002/(SICI)1098-1004(200001)15:1<7::AID-HUMU4>3.0.CO;2-N . PMID 10612815 . 
  3. ^ Fokkema, Ivo FAC; Den Dunnen, Johan T.; Taschner, Peter EM (2005). „LOVD: Einfache Erstellung einer lokusspezifischen Sequenzvariationsdatenbank mit einem ‚LSDB-in-a-box‘-Ansatz“ . Human Mutation . 26 (2): 63–68 . doi : 10.1002/humu.20201 . PMID 15977173 .