Dies ist eine Liste von Computerprogrammen, die Monte-Carlo-Methoden für die Molekülmodellierung verwenden .

  • Cassandra klassisch [ 2 ]

Siehe auch

Referenzen

  1. Needs , RJ; Towler, MD; Drummond, ND; Ríos, P. López (20. Januar 2010). „Kontinuumsvariations- und Diffusionsquanten-Monte-Carlo-Berechnungen“. J. Phys.: Condens. Matter . 22 (2) 023201. arXiv : 1002.2127 . doi : 10.1088/0953-8984/22/2/023201 . PMID  21386247 .
  2. ^ Shah, Jindal K.; Marin-Rimoldi, Eliseo; Mullen, Ryan Gotchy; Keene, Brian P.; Khan, Sandip; Paluch, Andrew S.; Rai, Neeraj; Romanielo, Lucienne L.; Rosch, Thomas W.; Yoo, Brian; Maginn, Edward J. (15. Juli 2017). „Cassandra: Ein Open-Source-Monte-Carlo-Paket für Molekülsimulationen“ . Journal of Computational Chemistry . 38 (19): 1727–1739 . Bibcode : 2017JCoCh..38.1727S . doi : 10.1002/jcc.24807 . PMID 28436594 . 
  3. ^ Hatch, Harold; Mahynski, Nathan; Shen, Vincent (1. März 2018). „FEASST: Free Energy and Advanced Sampling Simulation Toolkit“ . Journal of Research of the National Institute of Standards and Technology . 123 123004: 1–3 . doi : 10.6028/jres.123.004 . PMC 7339717. PMID 34877133 .  
  4. ^ Nejahi, Younes; Soroush Barhaghi, Mohammad; Mick, Jason; Jackman, Brock; Rushaidat, Kamel; Li, Yuanzhe; Schwiebert, Loren; Potoff, Jeffrey (28. November 2018). „GOMC: GPU-optimiertes Monte Carlo zur Simulation von Phasengleichgewichten und physikalischen Eigenschaften komplexer Fluide“ . SoftwareX . 9 : 20–27 . doi : 10.1016/j.softx.2018.11.005 .
  5. ^ Abagyan, Ruben; Totrov, Maxim (28. Januar 2004). „Voreingenommene Wahrscheinlichkeits-Monte-Carlo-Konformationssuchen und elektrostatische Berechnungen für Peptide und Proteine“ . J. Mol. Biol . 21, 235(3): 983–1002 . doi : 10.1006/jmbi.1994.1052 . PMID 8289329 . 
  6. ^ Glas, Colin W.; Reiser, Steffen; Rutkai, Gábor; Deublein, Stephan; Köster, Andreas; Guevara-Carrion, Gabriela; Wafai, Amer; Horsch, Martin; Bernreuther, Martin; Windmann, Thorsten; Hasse, Hans (Dezember 2014). „ms2: Ein molekulares Simulationstool für thermodynamische Eigenschaften, neue Versionsveröffentlichung“ . Computerphysik-Kommunikation . 185 (12): 3302–3306 . arXiv : 1507.07548 . Bibcode : 2014CoPhC.185.3302G . doi : 10.1016/j.cpc.2014.07.012 . ISSN 0010-4655 . S2CID 31816838 .  
  7. ^ Deublein, Stephan; Eckl, Bernhard; Stoll, Jürgen; Lishchuk, Sergey V.; Guevara-Carrion, Gabriela; Glass, Colin W.; Merker, Thorsten; Bernreuther, Martin; Hasse, Hans; Vrabec, Jadran (November 2011). „ms2: Ein Molekülsimulationswerkzeug für thermodynamische Eigenschaften“ . Computer Physics Communications . 182 (11): 2350–2367 . Bibcode : 2011CoPhC.182.2350D . doi : 10.1016/j.cpc.2011.04.026 . ISSN 0010-4655 . 
  8. ^ Fingerhut, Robin; Guevara-Carrion, Gabriela; Nitzke, Isabel; Saric, Denis; Marx, Joshua; Langenbach, Kai; Prokopev, Sergei; Celný, David; Bernreuther, Martin; Stephan, Simon; Kohns, Maximilian (Mai 2021). „ms2: Ein Molekülsimulationswerkzeug für thermodynamische Eigenschaften, Version 4.0“ . Computer Physics Communications . 262 107860. Bibcode : 2021CoPhC.26207860F . doi : 10.1016/j.cpc.2021.107860 . ISSN 0010-4655 . S2CID 232283889 .  
  9. ^ Rutkai, Gábor; Köster, Andreas; Guevara-Carrion, Gabriela; Janzen, Tatjana; Schappals, Michael; Glass, Colin W.; Bernreuther, Martin; Wafai, Amer; Stephan, Simon; Kohns, Maximilian; Reiser, Steffen (Dezember 2017). „ms2: Ein Molekülsimulationswerkzeug für thermodynamische Eigenschaften, Version 3.0“ . Computer Physics Communications . 221 : 343–351 . Bibcode : 2017CoPhC.221..343R . doi : 10.1016/j.cpc.2017.07.025 . ISSN 0010-4655 . 
  10. Wheeler , William A.; Pathak, Shivesh; Kleiner, Kevin G.; Yuan, Shunyue; Rodrigues, João NB; Lorsung, Cooper; Krongchon, Kittithat; Chang, Yueqing; Zhou, Yiqing; Busemeyer, Brian; Williams, Kiel T.; Muñoz, Alexander; Chow, Chun Yu; Wagner, Lucas K. (21. März 2023). „PyQMC: Ein vollständig in Python geschriebenes Realraum-Quanten-Monte-Carlo-Modul in PySCF“. The Journal of Chemical Physics . 158 (11) 114801. arXiv : 2212.01482 . Bibcode : 2023JChPh.158k4801W . doi : 10.1063/5.0139024 . PMID 36948839 . 
  11. ^ Dubbeldam, David; Calero, Sofía ; Ellis, Donald E.; Snurr, Randall Q. (26. Februar 2015). „RASPA: Molekulare Simulationssoftware für Adsorption und Diffusion in flexiblen nanoporösen Materialien“ . Molecular Simulation . 42 (2): 81–101 . doi : 10.1080/08927022.2015.1010082 . ISSN 0892-7022 . S2CID 53077055. Wikidata Q60395799 .   
  12. Scemama , Anthony; Caffarel, Michel; Oseret, Emmanuel; Jalby, William (2013). „QMC=Chem: Ein Quanten-Monte-Carlo-Programm für großskalige Simulationen in der Chemie auf Petascale-Ebene und darüber hinaus“ . High Performance Computing for Computational Science – VECPAR 2012. Lecture Notes in Computer Science. Band 7851. S.  118–127 . doi : 10.1007/978-3-642-38718-0_14 . ISBN 978-3-642-38717-3Die
  13. Scemama , Anthony; Caffarel, Michel; Oseret, Emmanuel; Jalby, William (30. April 2013). „Quanten-Monte-Carlo-Simulationen für große chemische Systeme: Implementierung effizienter Strategien für Petascale-Plattformen und darüber hinaus“. Journal of Computational Chemistry . 34 (11): 938–951 . arXiv : 1209.6630 . Bibcode : 2013JCoCh..34..938S . doi : 10.1002/jcc.23216 . PMID 23288704 . 
  14. ^ Kim, J.; et al. (QMCPACK) (27. März 2018). „QMCPACK: Ein Open-Source-Ab-initio-Quanten-Monte-Carlo-Paket für die elektronische Struktur von Atomen, Molekülen und Festkörpern“. Journal of Physics: Condensed Matter . 30 (19): 195901. arXiv : 1802.06922 . Bibcode : 2018JPCM...30s5901K . doi : 10.1088/ 1361-648X /aab9c3 . PMID 29582782. S2CID 4913347 .  
  15. ^ Kent, VR China; Annaberdiyev, Abdulgani; Benali, Anouar; Bennett, M. Chandler; Landinez Borda, Edgar Josué; Doak, Peter; Hao, Hongxia; Jordan, Kenneth D.; Krogel, Jaron T.; Kylänpää, Ilkka; Lee, Joonho; Luo, Ye; Malone, Fionn D.; Melton, Cody A.; Mitas, Lubos; Morales, Miguel A.; Neuscamman, Eric; Reboredo, Fernando A.; Rubenstein, Brenda; Saritas, Kayahan; Upadhyay, Shiv; Wang, Guangming; Zhang, Shuai; Zhao, Luning (7. Mai 2020). „QMCPACK: Fortschritte in der Entwicklung, Effizienz und Anwendung von Hilfsfeld- und Realraum-Variations- und Diffusionsquanten-Monte-Carlo“. Das Journal of Chemical Physics . 152 (17) 174105. arXiv : 2003.01831 . Bibcode : 2020JChPh.152q4105K . doi : 10.1063/5.0004860 . PMID 32384844 . 
  16. ^ Barborini, Matteo; Charry, Jorge; Ditte, Matej; Leventis, Andronikos; Kafanas, Georgios; Tkatchenko, Alexandre (30. Januar 2026). „QMeCha: Quanten-Monte-Carlo-Paket für Fermionen in eingebetteten Umgebungen“. The Journal of Chemical Physics . 164 (6) 062501. arXiv : 2511.03439 . doi : 10.1063/5.0311994 . PMID 41677286 . 
  17. Wagner , Lucas K.; Bajdich, Michal; Mitas, Lubos (Mai 2009). „QWalk: Ein Quanten-Monte-Carlo-Programm für die elektronische Struktur“. Journal of Computational Physics . 228 (9): 3390–3404 . Bibcode : 2009JCoPh.228.3390W . doi : 10.1016/j.jcp.2009.01.017 .
  18. ^ Topper, Robert Q.; Topper, Steven L.; Lee, Sangjoon (21.11.2022), Parish, Carol A.; Hopkins, Todd A. (Hrsg.), „TransRot: Ein portables Softwarepaket zur Monte-Carlo-Geometrieoptimierung von Atom- und Molekülclustern mittels simulierter Abkühlung“ , ACS Symposium Series , Bd. 1428, Washington, DC: American Chemical Society, S.  19–38 , doi : 10.1021/bk-2022-1428.ch002 , ISBN 978-0-8412-9743-2{{citation}}: CS1 Wartung: Arbeitsparameter mit ISBN ( Link )
  19. ^ Martin, Marcus G.; et al. (Towhee) (16. September 2013). „MCCCS Towhee: ein Werkzeug für Monte-Carlo-Molekularsimulationen“. Molecular Simulation . 39 ( 14–15 ): 1212–1222 . Bibcode : 2013MoSim..39.1212M . doi : 10.1080/08927022.2013.828208 . S2CID 97160184 . 
  20. ^ Nakano, Kousuke; Attaccalite, Claudio; Barborini, Matteo; Capriotti, Luca; Casula, Michele; Coccia, Emanuele; Dagrada, Mario; Genovese, Claudio; Luo, Ye; Mazzola, Guglielmo; Zen, Andrea; Sorella, Sandro (29. Mai 2020). „TurboRVB: Ein Vielteilchen-Toolkit für elektronische Ab-initio-Simulationen durch Quanten-Monte-Carlo“. Das Journal of Chemical Physics . 152 (20) 204121. arXiv : 2002.07401 . Bibcode : 2020JChPh.152t4121N . doi : 10.1063/5.0005037 . PMID 32486669 .