SILVA ist eine ribosomale RNA- Datenbank [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ], die in Zusammenarbeit zwischen der Arbeitsgruppe Mikrobielle Genomik am Max-Planck-Institut für Marine Mikrobiologie in Bremen, dem Fachbereich Mikrobiologie der Technischen Universität München und Ribocon [ 4 ] [ 5 ] erstellt wurde .

Die Datenbankversion 117 (Januar 2014) enthielt über 4.000.000 Sequenzen der kleinen ribosomalen Untereinheit (SSU – 16S / 18S ) und 400.000 Sequenzen der großen ribosomalen Untereinheit (LSU – 23S / 28S ). [ 6 ] Die Sequenzen werden als Dateien für die ARB-Softwareumgebung bereitgestellt. [ 4 ]

Siehe auch

Referenzen

  1. ^ Christian Quast, Elmar Pruesse, Pelin Yilmaz, Jan Gerken, Timmy Schweer, Pablo Yarza, Jörg Peplies, Frank Oliver Glöckner (2013). Das SILVA-Ribosomal-RNA-Gendatenbankprojekt: verbesserte Datenverarbeitung und webbasierte Tools . Nukleinsäureforschung 41 (D1): D590-D596. doi : 10.1093/nar/gks1219
  2. ^ Pelin Yilmaz; Laura Wegener Parfrey ; Pablo Yarza; Jan Gerken; Elmar Prüße; Christian Quast; Timmy Schweer; Jörg Peplies; Wolfgang Ludwig; Frank Oliver Glöckner (2014). „Die taxonomischen Rahmenwerke SILVA und „All-species Living Tree Project (LTP)““ . Nukleinsäureforschung . 42 (D1): D643– D648. doi : 10.1093/nar/gkt1209 . PMC 3965112 . PMID 24293649 .  
  3. ^ Elmar Pruesse, Christian Quast, Katrin Knittel, Bernhard M. Fuchs, Wolfgang Ludwig, Jörg Peplies, Frank Oliver Glöckner (2007). SILVA: eine umfassende Online-Ressource für qualitätsgeprüfte und abgeglichene ribosomale RNA-Sequenzdaten, die mit ARB kompatibel sind . Nukleinsäureforschung 35 (21): 7188-7196. doi : 10.1093/nar/gkm864
  4. ^ a b Silva . Ribocon GmbH. Abgerufen im November 2016.
  5. ^ Umweltbioinformatik . Arbeitsgruppe Mikrobielle Genomik und Bioinformatik, Max-Planck-Institut für Marine Mikrobiologie. Zugriff im November 2016.
  6. ^ Marc P. Hoeppner, Lars E. Barquist, Paul P. Gardner (2014). Einführung in RNA-Datenbanken . Methods in Molecular Biology 1097 : 107–123. doi : 10.1007/978-1-62703-709-9_6 .