Alicia Oshlack

Alicia Yinema Kate Nungarai Oshlack ^{[ 3 ] [ 2 ] [ 5 ]} ist eine australische Bioinformatikerin und Co-Leiterin der Abteilung für Computerbiologie am Peter MacCallum Cancer Centre in Melbourne , Victoria , Australien. Sie ist vor allem für ihre Arbeit zur Entwicklung von Methoden zur Analyse von Transkriptomdaten ^{[ 6 ]} als Maß für die Genexpression bekannt . Sie hat die Rolle der Genexpression in der menschlichen Evolution durch Vergleiche zwischen Menschen, Schimpansen , Orang-Utans und Rhesusaffen charakterisiert und arbeitet in Kooperation mit anderen Forschern an der Datenanalyse , um die Nutzung der klinischen Sequenzierung von RNA-Proben mittels RNA-Seq für die Diagnose menschlicher Krankheiten zu verbessern. ^{[ 7 ]}

Alicia Oshlack wurde 1975 in Roleystone , Perth, geboren. Sie schloss 1993 das Warrnambool College in Victoria, Australien, als Jahrgangsbeste ab. ^{[ 8 ]} Von 1994 bis 1998 absolvierte sie ein Bachelorstudium der Physik (B.Sc. Honours) an der University of Melbourne . Anschließend promovierte sie dort in Astrophysik über die Zentralstruktur von Radioquasaren (1999–2003). ^{[ 3 ] [ 9 ]}

Nach ihrem Wechsel zum Walter and Eliza Hall Institute , wo sie zunächst als wissenschaftliche Mitarbeiterin (2003–2007) und anschließend als leitende wissenschaftliche Mitarbeiterin (2007–2011) in der Abteilung für Bioinformatik tätig war, vollzog Oshlack einen Karrierewechsel hin zur Anwendung ihrer mathematischen Kenntnisse in der Genetik. ^{[ 10 ]} 2011 wechselte sie zum Murdoch Children's Research Institute in Melbourne und übernahm dort die Leitung der Bioinformatik. 2013 wurde sie zur Co-Vorsitzenden der Beratungsgruppe für Genomik und Bioinformatik der Melbourne Genomics Health Alliance ernannt. ^{[ 11 ]} Im selben Jahr war sie auch Mitglied des Organisationskomitees der Konferenz „Beyond the Genome“. ^{[ 12 ]} 2019 wurde Oshlack zur Co-Leiterin der Abteilung für Computerbiologie am Peter MacCallum Cancer Centre ernannt . ^{[ 13 ]} Im Jahr 2021 wurde sie zum Mitglied der Australian Academy of Health and Medical Sciences gewählt. ^{[ 14 ]} Im Jahr 2022 wurde sie für den Research Australia Frontiers Award nominiert und erhielt eine lobende Erwähnung. ^{[ 15 ]}

Die Forschung von Oshlack ^{[ 2 ] [ 5 ] [ 16 ]} konzentrierte sich auf Methoden zur Analyse der Genexpression, insbesondere auf die computergestützte und statistische Analyse von Transkriptomdaten . Dies umfasst Arbeiten zu Hintergrundkorrekturmethoden für Zwei-Farben-Microarrays ^{[ 17 ]} , zur Normalisierung von Microarray-Daten ^{[ 18 ]} , zur vergleichenden Analyse von RNA-Seq-Daten ^{[ 19 ] [ 20 ]} und zur Normalisierung von Methylierungsmustern in humanen DNA-Beadchip-Daten ^{[ 21 ] .}

Oshlacks Methodik ermöglichte die unvoreingenommene Analyse der Genexpressionsniveaus zwischen Menschen und anderen Primaten. Ihre Arbeit, in der sie die Genexpressionsniveaus von Lebergewebe von fünf Individuen aus vier verschiedenen Primatenarten – Menschen, Schimpansen, Orang-Utans und Rhesusaffen – verglich, identifizierte die rasche Evolution von Transkriptionsfaktoren beim Menschen. ^{[ 22 ]} Weiterführende Arbeiten untersuchten die Veränderungen der Expressionsniveaus dieser Faktoren in verschiedenen menschlichen Geweben. ^{[ 23 ]} Für diese Arbeit wurde Alicia Oshlack 2011 von der Australian Academy of Science mit der Ruth Stephens Gani Medal for Human Genetics ausgezeichnet. ^{[ 24 ]}

Oshlack hat eine Software-Pipeline für die klinisch relevante Analyse von DNA-Sequenzierungsdaten zu diagnostischen Zwecken entwickelt. Diese Tools werden derzeit im Victorian Clinical Genetics Service zur Analyse von Sequenzierungsdaten in der Kardiomyopathie-Diagnostik eingesetzt. ^{[ 25 ]} Sie hat außerdem Tools zur Analyse von Tumordaten entwickelt, insbesondere zum Nachweis von Mutationen, die durch Umlagerungen des Tumorgenoms und die daraus resultierende Bildung onkogener Fusionsgene entstehen. ^{[ 26 ]}

Oshlacks Ansichten zur Vereinbarkeit von Beruf und Privatleben in der Wissenschaft ^{[ 27 ]} und zur Vermittlung der Tätigkeit von Bioinformatikern an ein allgemeines Publikum auf Partys ^{[ 28 ]} wurden veröffentlicht.

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