Andreas Dräger ( [anˈdʁeːas ˈdʁɛːɡɐ] ; geboren am 20. September 1980) ist ein deutscher Bioinformatiker und leitet die Forschungsgruppe für Datenanalyse und Bioinformatik an der Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg .
Ausbildung
In seiner Schulzeit begeisterte sich Dräger für Informatik und die jüngsten Fortschritte in Genetik und Biotechnologie Ende der 1990er-Jahre. Als er von einem neuen Studiengang erfuhr, der diese Technologien miteinander verband, war er sofort begeistert. So studierte Dräger von 2000 bis 2006 Bioinformatik an der Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg in Halle (Saale). Er absolvierte ein Praktikum im Bereich Genomsequenzierung am Max-Planck-Institut für molekulare Genetik in Berlin . Seine Dissertation über schwermetallresistente Bakterien verfasste er am Institut für Mikrobiologie der Universität von Illinois in Chicago . Dräger promovierte am Zentrum für Bioinformatik in Tübingen (ZBIT) mit einer Arbeit über die dynamische Simulation metabolischer Netzwerke in einer virtuellen Leber . Während dieser Zeit arbeitete er 2010 als Gastwissenschaftler im Bereich Softwareentwicklung an der Keio-Universität in Yokohama. Nach seiner Rückkehr aus Japan wurde seine Dissertation von der Naturwissenschaftlichen Fakultät der Universität Tübingen mit dem Dissertationspreis 2011 ausgezeichnet. [ a ]
Karriere
Anfang 2011 erhielt Dräger als Postdoktorand und Nachwuchsgruppenleiter Fördermittel für ein unabhängiges Forschungsprojekt. 2013 absolvierte er ein weiteres zweijähriges Postdoc-Programm als Marie-Curie-Stipendiat in La Jolla . Dort arbeitete er in der Forschungsgruppe Systembiologie an der UCSD (University of California, San Diego ). Nach seiner Rückkehr nach Tübingen im Jahr 2015 gründete er dort eine eigene Forschungsgruppe. 2018 wurde er zum Juniorprofessor für Computergestützte Systembiologie von Infektionen und antimikrobiell resistenten Krankheitserregern am neu gegründeten interfakultären Institut für Bioinformatik und Medizinische Informatik (IBMI) der Universität Tübingen ernannt. Seine Forschungsgruppe gehörte zum Exzellenzcluster „Controlling Microbes to Fight Infections“ (CMFI) der Universität Tübingen . Im Februar 2024 wurde Dräger zum Universitätsprofessor ernannt und hat seither den Lehrstuhl für Datenanalyse und Bioinformatik an der Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg inne , [ b ] während seine Gruppe weiterhin Teil des Deutschen Nationalen Zentrums für Infektionsforschung (DZIF) an der Universität Tübingen ist .
Forschung
Andreas Drägers Forschung konzentriert sich auf mathematische Modelle der Stoffwechselmechanismen, die Antibiotikaresistenzen zugrunde liegen. Im Mittelpunkt seiner Forschungsgruppe steht das menschliche Mikrobiom in den Atemwegen, von der Nasenhöhle bis zur Lunge. Dräger hat sich zum Ziel gesetzt, neue Wege zur Bekämpfung lebensbedrohlicher bakterieller [1, 2] und viraler Infektionen [3, 4 ] zu finden . Krankenhausinfektionen der Atemwege haben dabei höchste Priorität, da es sich häufig um Erreger mit Multiresistenz gegen Antibiotika handelt. Zu den besonders schädlichen Bakterien in diesem Lebensraum zählen Pseudomonas aeruginosa [ 5 , 2 ] und Staphylococcus aureus [ 1 ] . Ein weiterer Forschungsschwerpunkt liegt auf Risikogruppen wie Patienten mit Mukoviszidose . Die Anwendung von Stoffwechselnetzwerkmodellen erfordert hierfür ein umfassendes Verständnis der zugrundeliegenden Prozesse der Wechselwirkungen zwischen Krankheitserregern , kommensalen Bakterien und ihrem Wirt [ 6 , 7 ] .
Diese Arbeit erfordert auch die Entwicklung spezialisierter Software zur Erstellung, Analyse und zum Austausch von Computermodellen in der Systembiologie . Aus diesem Grund engagiert sich die Gruppe aktiv in verschiedenen Standardisierungsbemühungen der Systembiologie [ 8 ] , die Teil der Initiativen des internationalen Forschernetzwerks „Computational Modeling in Biology“ sind . Dräger sieht eine verbesserte Interoperabilität und Wiederverwendbarkeit der entwickelten Computermodelle gemäß den FAIR- Prinzipien (findbar, zugänglich, interoperabel und wiederverwendbar) als Voraussetzung für die zuverlässige Implementierung von Computersimulationen in der Biologie [ 9 ] . Zu diesem Zweck entwickeln Dräger und seine Gruppe wissenschaftliche Open-Source-Software wie JSBML oder SBSCL [ 10 ] . Im Jahr 2015 wurde er von der wissenschaftlichen Gemeinschaft zum Herausgeber für die Entwicklung des Systembiologie- Dateiformats SBML und 2018 zum Herausgeber der grafischen Modellierungssprache SBGN gewählt . [ 11 ] Im Jahr 2016 war Dräger einer der Gründer des jährlichen Community-Treffens mit besonderem Interesse an Systemmodellierung ( SysMod ) [ 12 ] innerhalb der International Society of Computational Biology (ISCB) , wo er von 2018 bis zu seinem Rücktritt im Jahr 2022 als faktischer Vorsitzender fungierte. [ 13 ]
Während der COVID-19-Pandemie erregte Drägers Arbeit zur computergestützten Modellierung von SARS-CoV-2 in menschlichen Zellen [ 14 ] [ 15 ] internationales Interesse [ c ] [ d ] [ e ] [ f ] [ g ] [ h ] [ i ] , da sie potenziell nutzbare Zielstrukturen für die Arzneimittelentwicklung identifizierte. Eine davon ist das menschliche Enzym Guanylatkinase . Drägers laufende Arbeit zu diesem Thema konzentriert sich auf die Pandemievorsorge. [ 16 ]
Engagement und Freiwilligenarbeit
Über drei Jahre lang bot er an der Otto-Hahn-Oberschule in Nagold einen Kurs in Bioinformatik und Systembiologie für Gymnasiasten an und betreute diese im Rahmen des Jugendforschungswettbewerbs . [ j ]
Externe Links
- von Andreas Dräger in Google Scholar indexierte Publikationen
- Die Forschungsgruppe von Andreas Dräger
- Software für die Systembiologie
- Der YouTube-Kanal von Andreas Dräger
Auftritte in Nachrichten und öffentlichen Medien (Auswahl)
- ^ „Zentrale Promotionsfeier der Universität Tübingen“ [Zentrale Abschlussfeier der Universität Tübingen]. Newsletter Uni Tübingen aktuell Nr. 4/2011: Termine und Veranstaltungen . Universität Tübingen . 16.07.2011.
- ^ Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg (27.03.2024). „Neue Professorinnen und Professoren an der Universität Halle“ . Neue Professorinnen und Professoren an der Universität Halle . Halle (Saale) . Abgerufen am 08.08.2024 .
- ^ Wittig, Frank (18.03.2021). „Wo bleiben die Medikamente?“ [Wo sind die Drogen?]. odysso – Wissen im SWR (auf Deutsch). SWR Fernsehen .
- ^ Augustin, Birgit (03.02.2021). „Corona: Wie wirksam sind neue Medikamente gegen das Virus?“ [Corona: Wie wirksam sind neue Medikamente gegen das Virus?]. Visite (auf Deutsch). Norddeutscher Rundfunk .
- ^ Petrunova, Tsvetelina (17.01.2021). „ Ексклузивно: Първа стъпка към откриването лекарство срещу COVID-19“ [Exklusiv: Erster Schritt zur Entdeckung eines Medikaments gegen COVID-19]. Тази неделя (auf Bulgarisch). bTV (Bulgarien) .
- ^ Beremliyski, Nikolay (17.01.2021). „Das letzte Mal, dass ich COVID-19 habe: Was ist mir passiert?“ [DER SCHWACHPUNKT VON COVID-19: Sind wir kurz davor, die Pest zu besiegen?]. неделята (auf Bulgarisch). Nova (bulgarischer Fernsehsender) .
- ^ „Ученые РФ и ФРГ нашли способы уничтожать COVID-19“ [Wissenschaftler aus Russland und Deutschland haben Wege gefunden, COVID-19 zu zerstören]. Смотрим (auf Russisch). Russland-24 . 01.11.2021.
- ^ Hannemann, Cornelia (10.01.2021). „Entdeckung könnte Weg zu Corona- Medikament ebnen “ Wissen (auf Deutsch). n-tv .
- ^ Priese, Anna (09.01.2021). „Neuer Ansatz für Corona-Therapie an Tübinger Uni“. SWR Aktuell (auf Deutsch). SWR Fernsehen .
- ^ „Mit Stolz präsentieren sie erste Ergebnisse“ [Sie präsentieren stolz ihre ersten Ergebnisse]. Schwarzwälder Bote (auf Deutsch). Schwarzwälder Bote Mediengesellschaft mbH. 21.07.2021.
Referenzen
- ^ a b Renz, Alina; Dräger, Andreas (2021). „Curating and Comparing 114 Strain-Specific Genome-Scale Metabolic Models of Staphylococcus aureus “ . npj Systems Biology and Applications . 7 ( 1): 30. doi : 10.1038/ s41540-021-00188-4 . PMC 8241996. PMID 34188046. S2CID 233598683 .
- Payne , Dawson D.; Renz, Alina; Dunphy, Laura J.; Lewis, Taylor; Dräger, Andreas ; Papin, Jason A. (2021). „Eine aktualisierte genomweite Rekonstruktion des Stoffwechselnetzwerks von Pseudomonas aeruginosa PA14 zur Charakterisierung von Mucin-getriebenen Veränderungen im bakteriellen Stoffwechsel“ ( PDF) . npj Systems Biology and Applications . 7 (1): 37. doi : 10.1038 / s41540-021-00198-2 . PMC 8501023. PMID 34625561. S2CID 232224404 .
- ^ Bernardes, Joana P.; Mishra, Neha; Tran, Florian; Bahmer, Thomas; Beste Grüße, Lena; Blase, Johanna I.; Bordoni, Dora; Franzenburg, Jeanette; Geisen, Ulf; Josephs-Spaulding, Jonathan; Köhler, Philipp; Künstner, Axel; Rosati, Elisa; Aschenbrenner, Anna C.; Bacher, Petra; Baran, Nathan; Boysen, Teide; Brandt, Burkhard; Bruse, Niklas; Dörr, Jonathan; Dräger, Andreas ; Elke, Gunnar; Ellinghaus, David; Fischer, Julia; Forster, Michael; Franke, Andre; Franzenburg, Sören; Frey, Norbert; Friedrichs, Anette; Fuß, Janina; Glück, Andreas; Hamm, Jacob; Hinrichsen, Finn; Höppner, Marc P.; Imm, Simon; Jünker, Ralf; Kaiser, Sina; Kan, Ying H.; Knoll, Rainer; Lange, Christoph; Laue, Georg; Lier, Clemes; Lindner, Matthias; Marinos, Georgios; Markewitz, Robert; Nattermann, Jacob; Noth, Rainer; Pickkers, Peter; Rabe, Klaus F.; Renz, Alina; Roecken, Christoph; Rupp, Jan; Schaffarzyk, Annika; Scheffold, Alexander; Schulte-Schrepping, Jonas; Schunck, Domagoj; Skowasch, Dirk; Ulas, Thomas; Wandinger, Klaus-Peter; Wittig, Michael; Zimmermann, Johannes; Busch, Hauke; Hoyer, Bimba F.; Kaleta, Christoph; Heyckendorf, Jan; Kox, Matthijs; Rybniker, Jan; Schreiber, Stefan; Schultze, Joachim; Rosenstiel, Philip; Banovich, Nicholas E.; Desai, Tushar; Eickelberg, Oliver; Haniffa, Muzlifa; Horvath, Peter; Kropski, Jonathan A.; Lafyatis, Robert; Lundeberg, Joakim; Meyer, Kerstin; Nawijn, Martijn C.; Nikolic, Marko; Ordovas Montanes, Jose; Pe'er, Dana; Tata, Purushothama Rao; Rawlins, Emma; Regev, Aviv; Reyfman, Paul; Samakovlis, Christos; Schultze, Joachim; Shalek, Alex; Shepherd, Douglas; Spence, Jason; Teichmann, Sarah; Theis, Fabian; Zankow, Alexander; van den Berge, Maarten; von Papen, Michael; Whitsett, Jeffrey; Saragossa, Laure Emmanuelle; Angelov, Engel; Bals, Robert; Bartholomäus, Alexander; Becker, Anke; Bezdan, Daniela; Bonifacio, Ezio; Bork, Peer; Clavel, Thomas; Colme-Tatche, Maria; Diefenbach, Andreas; Dilthey, Alexander; Fischer, Nicole; Förstner, Konrad; Frick, Julia Stefanie; Gagneur, Julien; Goesmann, Alexander; Hain, Torsten; Hummel, Michael; Janssen, Stefan; Kalinowski, Jörn; Kallies, René; Kehr, Birte; Keller, Andreas; Kim-Hellmuth, Sarah; Klein, Christoph; Kohlbacher, Oliver; Korbel, Jan O.; Kurth, Ingo; Landthaler, Markus; Li, Yang; Ludwig, Kerstin; Makarewicz, Oliwia; Marz, Manja; McHardy, Alice; Mertes, Christian; Nöthen, Markus; Nürnberg, Peter; Ohler, Uwe; Ossowski, Stephan; Overmann, Jörg; Peter, Silke; Pfeffer, Klaus; Poetsch, Anna R.; Pühler, Alfred; Rajewsky, Niklaus; Ralser, Markus; Rieß, Olaf; Ripke, Stephan; Nunes da Rocha, Ulisses; Saliba, Antoine Emmanuel; Sander, Leif Erik; Sawitzki, Birgit; Schiffer, Philipp; Schulte, Eva Christina; Sczyrba, Alexander; Stegle, Oliver; Stoye, Jens; Vehreschild, Janne; Vogel, Jörg; Kleist, Max von; Walker, Andreas; Walter, Jörn; Wieczorek, Dagmar; Ziebuhr, John (2020).„ Longitudinale Multi-Omics-Analysen identifizieren Reaktionen von Megakaryozyten, Erythrozyten und Plasmazellen als Kennzeichen schwerer COVID-19-Verläufe . “ Immunity . 53 (6): 1296–1314.e9. doi : 10.1016/j.immuni.2020.11.017 . ISSN 1074-7613 . PMC 7689306. PMID 33296687. S2CID 227163641 .
- ^ Ostaszewski, Marek; et al. (2021). „COVID19 Disease Map, a computational knowledge repository of virus–wire interaction mechanisms“ . Molecular Systems Biology . 17 ( 10) e10387. doi : 10.15252/msb.202110387 . PMC 8524328. PMID 34664389. S2CID 239027089 .
- ^ Dahal, Sanjeev; Renz, Alina; Dräger, Andreas ; Yang, Laurence (2023). „Genomweites Modell des Stoffwechsels von Pseudomonas aeruginosa enthüllt Virulenz und Arzneimittelpotenzierung“ ( PDF) . Communications Biology . 6 (1): 165. doi : 10.1038/s42003-023-04540-8 . PMC 9918512. PMID 36765199. S2CID 256702200 .
- ^ Renz, Alina; Widerspick, Lina; Dräger, Andreas (2021). „Erstes Stoffwechselmodell von Dolosigranulum pigrum im Genommaßstab bestätigt mehrere Auxotrophien“ . Metaboliten . 11 (4): 232. doi : 10.3390/metabo11040232 . PMC 8069353 . PMID 33918864 . S2CID 233395707 .
- Brunk , Elizabeth; Sahoo, Swagatika; Zielinski, Daniel C.; Altunkaya, Ali; Dräger, Andreas ; Mih, Nathan; Gatto, Francesco; Nilsson, Avlant; Preciat Gonzalez, German Andres; Aurich, Maike Kathrin; Prlić, Andreas; Sastry, Anand; Danielsdóttir, Anna D.; Heinken, Almut; Noronha, Alberto; Rose, Peter W.; Burley, Stephen K.; Fleming, Ronan MT; Nielsen, Jens; Thiele, Ines; Palsson, Bernhard O. (2018). „Recon3D ermöglicht eine dreidimensionale Sicht auf die Genvariation im menschlichen Stoffwechsel“ . Nature Biotechnology . 36 (3): 272–281 . doi : 10.1038/nbt.4072 . PMC 5840010 . PMID 29457794 . S2CID 210902494 .
- ^ Dräger, Andreas ; Waltemath, Dagmar (2021). „Überblick: Standards für die Modellierung in der Systemmedizin“. Systemmedizin . S. 345–353 . doi : 10.1016/B978-0-12-816077-0.00001-7 . ISBN 978-0-12-816078-7S2CID 224975951 .
- ^ Dräger, Andreas (2014). „Verbesserung der Zusammenarbeit durch Standardisierungsbemühungen in der Systembiologie“ . Frontiers in Bioengineering and Biotechnology . 2 (61): 61. doi : 10.3389/fbioe.2014.00061 . PMC 4259112. PMID 25538939. S2CID 16722945 .
- ^ Panchiwala, Hemil; Shah, Shalin; Planatscher, Hannes; Zakharchuk, Mykola; König, Matthias; Dräger, Andreas (2022). „ The Systems Biology Simulation Core Library“ . Bioinformatics . 38 (3): 864–865 . doi : 10.1093/bioinformatics/ btab669 . PMC 8756180. PMID 34554191. S2CID 230546045 .
- ^ Touré, Vasundra; Dräger, Andreas ; Luna, Augustin ; Dogrusoz, Ugur; Rougny, Adrien (2021). „Die grafische Notation der Systembiologie: Aktueller Stand und Anwendungen in der Systemmedizin“. Systems Medicine . S. 372–381 . doi : 10.1016/B978-0-12-801238-3.11515-6 . ISBN 978-0-12-816078-7. S2CID 213385953 .
- ^ Dräger, Andreas ; Helikar, Tomáš; Barberis, Matteo; Birtwistle, Marc; Calzone, Laurence; Chaouiya, Claudine; Hasenauer, Jan; Karr, Jonathan R.; Niarakis, Anna; Rodríguez Martínez, María; Saez-Rodriguez, Julio; Thakar, Juilee (2021). „SysMod: die ISCB-Community für datengesteuerte Computermodellierung und Multiskalenanalyse biologischer Systeme“ (PDF) . Bioinformatik . 37 (21): 3702–3706 . doi : 10.1093/bioinformatics/btab229 . PMC 8570808 . PMID 34179955 . S2CID 234620344 .
- ^ Niarakis, Anna; Thakar, Juilee; Barberis, Matteo; Rodríguez Martínez, María; Helikar, Tomáš; Birtwistle, Marc; Chaouiya, Claudine; Calzone, Laurence; Dräger, Andreas (2022). „Computergestützte Modellierung in Gesundheit und Krankheit. Höhepunkte des 6. jährlichen SysMod-Treffens“ (PDF) . Bioinformatik . 38 (21): 4990–4993 . doi : 10.1093/bioinformatics/btac609 .
- ^ Renz, Alina; Widerspick, Lina; Dräger, Andreas (2020). „FBA zeigt Guanylatkinase als potenzielles Ziel für antivirale Therapien gegen SARS-CoV-2“ ( PDF) . Bioinformatics . 36 (Suppl 2): i813– i821 . doi : 10.1093/bioinformatics/btaa813 . PMC 7773487. PMID 33381848. S2CID 229929774 .
- ^ Renz, Alina; Widerspick, Lina; Dräger, Andreas (2021). „Genomweites Stoffwechselmodell der Infektion mit SARS-CoV-2-Mutanten bestätigt Guanylatkinase als robustes potenzielles antivirales Ziel“ . Genes . 12 ( 6 ): 796. doi : 10.3390/genes12060796 . PMC 8225150. PMID 34073716. S2CID 235300463 .
- ^ Leonidou, Nantia; Renz, Alina; Mostolizadeh, Reihaneh; Dräger, Andreas (2023). „Neuer Workflow sagt Wirkstoffziele gegen SARS-CoV-2 über metabolische Veränderungen in infizierten Zellen voraus“ . PLOS Computational Biology . 19 (3) e1010903. doi : 10.1371/journal.pcbi.1010903 . PMC 10035753. PMID 36952396. S2CID 257715107 .
