Gene Expression Omnibus ( GEO ) ist eine Datenbank für Genexpressions- und DNA-Methylierungsprofile , die vom National Center for Biotechnology Information (NCBI) verwaltet wird. [ 1 ] Diese Hochdurchsatz -Genomikdaten stammen aus Microarray- oder RNA-Seq- Experimenten. [ 2 ] Diese Daten müssen dem MIAME-Format ( Minimum Information About a Microarray Experiment ) entsprechen. [ 3 ]

Glossar

Abkürzung Beschreibung
GDS Datensatz-Zugangsnummer
GPL Plattformbeitritt
GSE Serienzugang
GSM Beispielzugang

Referenzen

  1. ^ a b Edgar, R; Domrachev, M; Lash, AE (1. Januar 2002). „Gene Expression Omnibus: NCBI gene expression and hybridization array data repository“ . Nucleic Acids Research . 30 (1): 207–10 . doi : 10.1093/nar/30.1.207 . PMC  99122. PMID  11752295 .
  2. ^ Barrett, T.; Wilhite, S. E.; Ledoux, P.; Evangelista, C.; Kim, I. F.; Tomashevsky, M.; Marshall, K. A.; Phillippy, K. H.; Sherman, P. M.; Holko, M.; Yefanov, A.; Lee, H.; Zhang, N.; Robertson, C. L.; Serova, N.; Davis, S.; Soboleva, A. (Januar 2013). „NCBI GEO: Archiv für Datensätze der funktionellen Genomik – Update“ . Nucleic Acids Research . 41 (Datenbankausgabe): D991–5. doi : 10.1093/nar/ gks1193 . PMC 3531084. PMID 23193258 .  
  3. ^ Brazma, A.; Hingamp, P.; Quackenbush, J.; Sherlock, G.; Spellman, P.; Stoeckert, C.; Aach, J.; Ansorge, W.; Ball, C. A.; Causton, H. C.; Gaasterland, T.; Glenisson, P.; Holstege, F. C.; Kim, I. F.; Markowitz, V.; Matese, J. C.; Parkinson, H.; Robinson, A.; Sarkans, U.; Schulze-Kremer, S.; Stewart, J.; Taylor, R.; Vilo, J.; Vingron, M. (Dezember 2001). „Minimum information about a microarray experiment (MIAME)-toward standards for microarray data“ . Nature Genetics . 29 (4): 365–371 . doi : 10.1038/ng1201-365 . PMID 11726920 . S2CID 6994467 .