Steven Lloyd Salzberg (geb. 1960) ist ein US-amerikanischer Computerbiologe und Informatiker. Er ist Bloomberg Distinguished Professor für Biomedizintechnik, Informatik und Biostatistik an der Johns Hopkins University und gleichzeitig Direktor des Zentrums für Computerbiologie.

Frühes Leben und Bildung

Salzberg wurde 1960 als eines von vier Kindern von Herman Salzberg, einem emeritierten Professor für Psychologie, und Adele Salzberg, einer pensionierten Lehrerin, geboren. [ 9 ] Er studierte an der Yale University und schloss sein Studium 1980 mit einem Bachelor of Arts in Anglistik ab. 1981 kehrte er nach Yale zurück und erwarb dort 1982 bzw. 1984 seinen Master of Science und Master of Philosophy in Informatik. Nach einigen Jahren in einem Start-up-Unternehmen nahm er ein Promotionsstudium an der Harvard University auf, wo er 1989 in Informatik promovierte. [ 10 ]

Karriere

Nach seinem Bachelor-Abschluss arbeitete er für ein lokales Energieunternehmen in South Carolina , wo er Programmiererfahrung auf einem IBM-Großrechner sammelte [ 11 ] und in COBOL und IBM-Assemblersprache programmierte. Anschließend trat er nach seinem Master-Abschluss in Informatik einem KI- Startup in Boston bei. [ 11 ]

Nach seiner Promotion trat Salzberg der Johns Hopkins University als Assistenzprofessor im Fachbereich Informatik bei und wurde 1997 zum außerordentlichen Professor befördert. Von 1998 bis 2005 leitete er die Abteilung für Bioinformatik am Institut für Genomforschung , einem der weltweit größten Zentren für Genomsequenzierung. Anschließend wechselte Salzberg an den Fachbereich Informatik der University of Maryland, College Park , wo er den Horvitz-Lehrstuhl für Informatik innehatte und gleichzeitig Direktor des Zentrums für Bioinformatik und Computerbiologie war. 2011 kehrte Salzberg als Professor an das McKusick-Nathans-Institut für Genetische Medizin und an den Fachbereich Medizin der Johns Hopkins University zurück. [ 8 ] [ 12 ] [ 13 ]

Im Jahr 2013 gewann Salzberg den Benjamin-Franklin-Preis [ 14 ] in der Bioinformatik .

Im Jahr 2014 wurde er für seine Leistungen als interdisziplinärer Forscher und seine herausragenden Leistungen in der Ausbildung des wissenschaftlichen Nachwuchses zum Bloomberg Distinguished Professor an der Johns Hopkins University ernannt . [ 15 ] Die Bloomberg Distinguished Professorships wurden 2013 durch eine Spende von Michael Bloomberg eingerichtet . [ 16 ] Salzberg hat Lehrstühle an der Johns Hopkins Whiting School of Engineering , der Johns Hopkins School of Medicine und der Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health inne .

Forschung

Salzberg zählt seit den 1990er Jahren zu den führenden Wissenschaftlern auf dem Gebiet der Bioinformatik und Computerbiologie . Er hat zahlreiche Beiträge zu Algorithmen für die Genfindung geleistet, insbesondere zum GLIMMER- Programm [ 17 ] für die bakterielle Genfindung sowie zu mehreren verwandten Programmen zur Genfindung in Tieren, Pflanzen und anderen Organismen. Er war zudem führend in der Genom- Assemblierungsforschung und leitete die Assemblierung dutzender Genome, sowohl großer als auch kleiner. Er war am Humangenomprojekt [ 18 ] sowie an vielen anderen Genomprojekten beteiligt, darunter das Malaria- Genom ( Plasmodium falciparum ) und das Genom der Modellpflanze Arabidopsis thaliana . In den Jahren 2001–2002 sequenzierte er gemeinsam mit Kollegen das Anthrax-Virus , das bei den Anthrax-Anschlägen von 2001 eingesetzt wurde . Ihre Ergebnisse veröffentlichten sie im Jahr 2002 in der Fachzeitschrift Science. [ 19 ] Diese Erkenntnisse halfen dem FBI, die Quelle der Angriffe auf ein einzelnes Fläschchen in Ft. Detrick in Frederick, Maryland, zurückzuverfolgen.

Salzberg startete 2003 zusammen mit David Lipman und Lone Simonsen das Influenza-Genomsequenzierungsprojekt , ein Projekt zur Sequenzierung und Veröffentlichung der Genome von Tausenden von Influenzavirusisolaten. [ 20 ] [ 21 ]

Kurz nach dem Aufkommen der Next-Generation-Sequenzierung (NGS) Mitte der 2000er-Jahre entwickelte Salzbergs Forschungslabor zusammen mit seinen Mitarbeitern eine Reihe hocheffizienter und präziser Programme zur Ausrichtung von NGS-Sequenzen an großen Genomen und zur Assemblierung von Sequenzen aus RNA-Seq- Experimenten. Diese Programme wurden als „Tuxedo“-Suite bekannt und umfassen die Programme Bowtie und TopHat , die seit ihrer Veröffentlichung zehntausende Male zitiert wurden.

Salzberg engagiert sich seit Langem gegen Pseudowissenschaft und hat zu diesem Thema Leitartikel verfasst und in Printmedien publiziert. Von 2010 bis 2024 schrieb er eine Kolumne im Forbes- Magazin [ 22 ] über Wissenschaft, Medizin und Pseudowissenschaft, in der er über 300 Artikel veröffentlichte, die insgesamt mehrere zehn Millionen Mal aufgerufen wurden. Für seine Arbeit bei Forbes wurde er 2012 mit dem Robert P. Balles Prize in Critical Thinking ausgezeichnet. [ 23 ] Seit 2025 erscheinen seine Kolumnen auf Substack unter https://stevensalzberg.substack.com/ . Dort sind neben seinen Forbes -Kolumnen auch weitere Artikel – insgesamt fast 500 – zu finden.

Salzberg war 2014 Gründungsmitglied der Cambridge Working Group , die ins Leben gerufen wurde, um in der wissenschaftlichen Gemeinschaft Besorgnis über die Entwicklung hoch ansteckender und übertragbarer Viren (auch Gain-of-Function-Forschung genannt ) und die Wahrscheinlichkeit einer versehentlichen Freisetzung im Labor zum Ausdruck zu bringen. [ 24 ]

Veröffentlichungen

Salzberg ist Autor oder Co-Autor von über 300 wissenschaftlichen Publikationen. [ 25 ] Er verzeichnet mehr als 350.000 Zitationen in Google Scholar und einen h-Index von 167. [ 26 ] Im Jahr 2014 wurde Salzberg in HighlyCited.com aufgenommen, ein Ranking des Institute for Scientific Information, das Wissenschaftler auflistet, die in den letzten zehn Jahren zu den 1 % meistzitierten Forschern ihres Fachgebiets gehörten. Er wurde bereits bei der ersten Veröffentlichung der Liste im Jahr 2001 berücksichtigt. Diese Liste der meistzitierten Forscher wird von Clarivate weitergeführt , und Salzberg ist seit 2014 bis mindestens 2024 jährlich darin vertreten. [ 27 ]

Häufig zitierte Artikel (mehr als 10.000 Zitate)

  • 2012 mit B Langmead, Schnelle Ausrichtung von Reads mit Lücken mit Bowtie 2 , in: Nature Methods . Vol. 9, Nr. 4; 357.
  • 2009 Mit B Langmead, C Trapnell, M Pop, Ultraschnelle und speichereffiziente Ausrichtung kurzer DNA-Sequenzen an das menschliche Genom , in: Genome Biology . Vol. 10, Nr. 3; 1–10.
  • 2001 mit JC Venter, MD Adams, EW Myers, PW Li, RJ Mural, et al., Die Sequenz des menschlichen Genoms , in: Science . Band 291, Nr. 5507; 1304–1351.
  • 2015 mit D Kim, B Langmead, HISAT: ein schneller Spliced-Aligner mit geringem Speicherbedarf , in: Nature Methods Vol. 12, 357–360. (2015)
  • 2010 mit C Trapnell, BA Williams, G Pertea, A Mortazavi, G Kwan, MJ Van Baren, BJ Wold, L Pachter, Transkriptassemblierung und -quantifizierung mittels RNA-Seq deckt unannotierte Transkripte und Isoformwechsel während der Zelldifferenzierung auf , in: Nature Biotechnology . Band 28, Nr. 5; 511–515.
  • 2009 mit C Trapnell, L Pachter, TopHat: discovering splice junctions with RNA-Seq , in: Bioinformatics . Vol. 25, nº 9; 1105–1111.
  • 2013 mit D Kim, G Pertea, C Trapnell, H Pimentel, R Kelley, TopHat2: genaue Ausrichtung von Transkriptomen in Gegenwart von Insertionen, Deletionen und Genfusionen , in: Genome Biology . Vol. 14, Nr. 4; 1–13.
  • 2012 mit C Trapnell, A Roberts, L Goff, G Pertea, D Kim, DR Kelley, H Pimentel, JL Rinn, L Pachter. Differentielle Gen- und Transkriptexpressionsanalyse von RNA-Seq-Experimenten mit TopHat und Cufflinks , in: Nature Protocols . Band 7, Nr. 3; 562-578.
  • 2011 mit T Magoč. FLASH: Schnelle Längenanpassung kurzer Reads zur Verbesserung von Genom-Assemblierungen , in: Bioinformatics . Band 27, Nr. 21; 2957-2963.
  • 2000 mit der Arabidopsis Genome Initiative. Analyse der Genomsequenz der Blütenpflanze Arabidopsis thaliana , in: Nature . Band 408, Nr. 6814; 796-815.

Auszeichnungen

Referenzen

  1. ^ a b Steven Salzberg beim Mathematics Genealogy Project
  2. ^ Mullins, J.; Morrison McKay, B. (2011). „International Society for Computational Biology Honors Michael Ashburner and Olga Troyanskaya with Top Bioinformatics/Computational Biology Awards for 2011“ . PLOS Computational Biology . 7 (6) e1002081. Bibcode : 2011PLSCB...7E2081M . doi : 10.1371/journal.pcbi.1002081 . PMC  3107244 .
  3. ^ Salzberg, SL; Delcher, AL; Kasif, S.; White, O. (1998). „Identifizierung mikrobieller Gene mittels interpolierter Markov-Modelle“ . Nucleic Acids Research . 26 (2): 544–548 . doi : 10.1093 / nar/26.2.544 . PMC 147303. PMID 9421513 .  
  4. ^ Delcher, AL; Kasif, S.; Fleischmann, RD; Peterson, J.; White, O.; Salzberg, SL (1999). „Alignment of whole genomes“ . Nucleic Acids Research . 27 (11): 2369–2376 . doi : 10.1093/ nar /27.11.2369 . PMC 148804. PMID 10325427 .  
  5. ^ Sommer, DD; Delcher, AL; Salzberg, SL; Pop, M. (2007). „ Minimus: Ein schneller, ressourcenschonender Genomassembler“ . BMC Bioinformatics . 8 64. doi : 10.1186/1471-2105-8-64 . PMC 1821043. PMID 17324286 .  
  6. ^ Langmead, B.; Trapnell, C.; Pop, M.; Salzberg, SL (2009). „Ultraschnelle und speichereffiziente Ausrichtung kurzer DNA-Sequenzen an das menschliche Genom“ . Genome Biology . 10 (3): R25. doi : 10.1186/gb-2009-10-3-r25 . PMC 2690996. PMID 19261174 .  
  7. Trapnell , C.; Pachter, L .; Salzberg, SL (2009). „TopHat: Entdeckung von Spleißstellen mittels RNA-Seq“ . Bioinformatics . 25 (9): 1105–1111 . doi : 10.1093/bioinformatics/ btp120 . PMC 2672628. PMID 19289445 .  
  8. ^ a b ccb.jhu.edu Kurze Kurzbiografie
  9. ^ „Steven Salzberg: Kurze Biografie“ . Salzberg Lab . 21.02.2015 . Abgerufen am 03.06.2021 .
  10. ^ Salzberg, Steven Lloyd (1989). Lernen mit verschachtelten generalisierten Exemplaren (Dissertation). Harvard University. ProQuest 303755625 . 
  11. ^ a b Fogg, Christina; Kovats, Diane; Shamir, Ron (29. Oktober 2021). „ISCB Achievements by a Senior Scientist Award 2020: Steven Salzberg“ . Bioinformatics . 37 (21): 3699–3700 . doi : 10.1093/bioinformatics/btaa508 . Abgerufen am 26. Juli 2023 .
  12. ^ Leitartikel über Evolution und Grippe, Philadelphia Inquirer
  13. ^ „Bloomberg Distinguished Professorships | Steven Salzberg“ . Johns Hopkins Office of Research . 9. September 2016.
  14. ^ „Steven Salzberg über mikrobielle Genome, Open Access, Grippeimpfungen und Genpatente“ .
  15. ^ „Mit den Bloomberg Distinguished Professorships will Johns Hopkins die fachübergreifende Zusammenarbeit fördern 2014“ . 17.02.2014.
  16. ^ „Michael R. Bloomberg stellt Johns Hopkins 350 Millionen Dollar für die Transformationsinitiative für akademische Angelegenheiten 2013 zur Verfügung“ .
  17. ^ Delcher, A.; Harmon, D.; Kasif, S.; White, O.; Salzberg, S. (1999). „Verbesserte Identifizierung mikrobieller Gene mit GLIMMER“ . Nucleic Acids Research . 27 (23): 4636–4641 . doi : 10.1093 / nar/27.23.4636 . PMC 148753. PMID 10556321 .  
  18. ^ Venter, JC ; Adams, M.; Myers, E.; Li, P.; Wandgemälde, R.; Sutton, G.; Smith, H.; Yandell, M.; Evans, C.; Holt, RA; Gocayne, JD; Amanatides, P.; Ballew, RM; Huson, DH; Wortman, JR; Zhang, Q.; Kodira, CD; Zheng, XH; Chen, L.; Skupski, M.; Subramanian, G.; Thomas, PD; Zhang, J.; Gabor Miklos, GL; Nelson, C.; Broder, S.; Clark, AG; Nadeau, J.; McKusick, VA; et al. (2001). „Die Sequenz des menschlichen Genoms“ . Wissenschaft . 291 (5507): 1304–1351 . Bibcode : 2001Sci...291.1304V . doi : 10.1126/science.1058040 . PMID 11181995 . 
  19. Read , TD; Salzberg, S.; Pop, M.; Shumway, M.; Umayam, L.; Jiang, L.; Holtzapple, E.; Busch, J.; Smith, K.; Schupp, JM; Solomon, D.; Keim, P.; Fraser, CM (2002). „Vergleichende Genomsequenzierung zur Entdeckung neuer Polymorphismen in Bacillus anthracis“ . Science . 296 ( 5575 ): 2028–2033 . Bibcode : 2002Sci...296.2028R . doi : 10.1126/science.1071837 . PMID 12004073. S2CID 15470665 .  
  20. Ghedin , E.; Sengamalay, N. A.; Shumway, M.; Zaborsky, J.; Feldblyum, T.; Subbu, V.; Spiro, D. J.; Sitz, J.; Koo, H.; Bolotov, P.; Dernovoy, D.; Tatusova, T.; Bao, Y.; St George, K.; Taylor, J.; Lipman, D. J.; Fraser, C. M.; Taubenberger, J. K.; Salzberg, S. L. (2005). „Die großflächige Sequenzierung des humanen Influenzavirus enthüllt die dynamische Natur der viralen Genom-Evolution“ . Nature . 437 (7062): 1162–1166 . Bibcode : 2005Natur.437.1162G . doi : 10.1038/nature04239 . PMID 16208317 . 
  21. Holmes , EC; Ghedin, E; Miller, N; Taylor, J; Bao, Y; St George, K; Grenfell, BT; Salzberg, SL; Fraser, CM; Lipman, DJ; Taubenberger, JK (2005). „Genomweite Analyse des humanen Influenza-A-Virus zeigt multiple persistente Linien und Reassortierung unter den jüngsten H3N2-Viren“ . PLOS Biology . 3 (9) e300. doi : 10.1371/journal.pbio.0030300 . PMC 1180517. PMID 16026181 .  
  22. ^ Salzbergs Kolumne bei Forbes
  23. ^ „Die skeptischen Autoren Steven Salzberg und Joe Nickell erhalten den Balles-Preis für kritisches Denken“ . 14. Juni 2013.
  24. ^ Baker, Nicholson. (4. Januar 2021). „Die Laborleck-Hypothese: Jahrzehntelang haben Wissenschaftler Viren manipuliert, um eine Pandemie zu verhindern, nicht um sie auszulösen. Aber was wäre, wenn …?“ New York Magazine . Abgerufen am 18. Januar 2021.
  25. ^ „Steven Salzberg, Ph.D., Professor für Biomedizintechnik“ . Johns Hopkins Medicine . Abgerufen am 3. Juni 2021 .
  26. ^ „Steven Salzberg“ . scholar.google.com . Abgerufen am 3. Juni 2021 .
  27. ^ „Highly Cited Researchers“ . publons.com . Abgerufen am 3. Juni 2021 .
  28. ^ „Steven Salzberg, Ph.D., Professor für Biomedizintechnik“ . Johns Hopkins Medicine . Abgerufen am 4. Mai 2021 .