Tag-Suite für Zeitschriftenartikel

Die Journal Article Tag Suite ( JATS ) ist ein Format zur Beschreibung wissenschaftlicher Literatur, die online veröffentlicht wird. Es handelt sich um einen technischen Standard, der von der National Information Standards Organization (NISO) entwickelt und vom American National Standards Institute unter dem Code Z39.96-2012 genehmigt wurde .

Das NISO-Projekt war eine Fortsetzung der Arbeit von NLM/NCBI und wurde durch PubMed Central der NLM als De-facto- Standard für die Archivierung und den Austausch wissenschaftlicher Open-Access-Zeitschriften und ihrer Inhalte mit XML populär gemacht .

Mit der NISO-Standardisierung hat die NLM-Initiative eine größere Reichweite erzielt, und mehrere andere Repositorien, wie SciELO und Redalyc , haben die XML-Formatierung für wissenschaftliche Artikel übernommen .

JATS stellt eine Reihe von XML-Elementen und -Attributen zur Beschreibung des textuellen und grafischen Inhalts von Zeitschriftenartikeln sowie bestimmter anderer Inhalte wie Leserbriefe, Leitartikel und Buch- und Produktrezensionen bereit. ^{[ 1 ]} JATS ermöglicht die Beschreibung des gesamten Artikelinhalts oder nur der Metadaten im Artikelkopf und unterstützt weitere Inhaltsarten, darunter Forschungsartikel und andere Artikel, Leserbriefe, Leitartikel sowie Buch- und Produktrezensionen.

Seit ihrer Einführung hat sich die NLM Archiving and Interchange DTD Suite des NCBI zum De-facto- Standard für die Auszeichnung von Zeitschriftenartikeln im wissenschaftlichen Publikationswesen entwickelt . ^{[ 2 ]} Mit der Einführung von NISO JATS wurde sie zu einem echten Standard erhoben . ^{[ 3 ]} Selbst ohne öffentlichen Datenaustausch bietet die Verwendung von NISO JATS Verlagen Vorteile hinsichtlich der Optimierung von Produktionsabläufen und der Verbesserung der Systeminteroperabilität. ^{[ 4 ] [ 5 ]}

NLM JATS

NLM JATS, Version 1

• 31. März 2003 : Einführung der NLM DTD v1.0.  ( 31.03.2003 )^{[ 6 ]}
• 5. November 2003 : Update auf Version 1.1 veröffentlicht.  ( 05.11.2003 )^{[ 6 ]}

NLM JATS, Version 2

• 30. Dezember 2004 : Version 2.0 – ein wichtiges Update wurde veröffentlicht. Es wurde entwickelt, um bewährte Anpassungsmethoden zu unterstützen.  ( 30.12.2004 )^{[ 6 ]}
• 14. November 2005 : Version 2.1-Update mit Hinzufügung der Artikel-Autoren-DTD veröffentlicht .  ( 14.11.2005 )^{[ 6 ] [ 7 ]}
• 8. Juni 2006 : Update auf Version 2.2 veröffentlicht.  ( 08.06.2006 )^{[ 6 ]}
• 28. März 2007 : Update auf Version 2.3 veröffentlicht.  (2007-03-28)^{[ 6 ]}

NLM JATS, Version 3

• 21. November 2008 : Version 3.0 – Großes Update veröffentlicht.  (2008-11-21)^{[ 6 ] [ 7 ]}

NISO JATS

NISO JATS, Version 1.0

• 30. März 2011  – 30. September 2011 : Erster Entwurf, NISO Z39.96.201x Version 0.4, veröffentlicht; sechsmonatige Kommentierungsfrist.  (2011-03-30) (2011-09-30)^{[ 8 ]}
• 15. Juli 2012 : NISO JATS, v1.0 erhielt die NISO-Genehmigung.  (2012-07-15)^{[ 9 ]}
• 9. August 2012 : NISO JATS, Version 1.0, erhielt die ANSI-Zulassung.  (2012-08-09)^{[ 9 ]}
• 22. August 2012 : ANSI/NISO Z39.96-2012, JATS: Journal Article Tag Suite (Version 1.0), wurde veröffentlicht. Sie unterstützt vollständige Abwärtskompatibilität mit NLM JATS v3.0.  (2012-08-22)^{[ 6 ] [ 9 ]}

NISO JATS, Version 1.1

• 9. Dezember 2013 : Erster Entwurf, NISO JATS, Version 1.1d1, veröffentlicht.  (2013-12-09)^{[ 10 ]}
• 29. Dezember 2014 : Zweiter Entwurf, NISO JATS, Version 1.1d2, veröffentlicht.  (2014-12-29)^{[ 11 ]}
• 14. April 2015 : Dritter Entwurf, NISO JATS, Version 1.1d, veröffentlicht.  (2015-04-14)^{[ 12 ]}
• 22. Oktober 2015 : NISO JATS, v1.1 erhielt die NISO-Genehmigung.  (2015-10-22)^{[ 13 ]}
• 19. November 2015 : NISO JATS, Version 1.1, erhielt die ANSI-Zulassung  (2015-11-19)^{[ 13 ].}
• 6. Januar 2016 : ANSI/NISO Z39.96-2015, JATS: Journal Article Tag Suite, Version 1.1 veröffentlicht.  (2016-01-06)^{[ 13 ]}

NISO JATS, Version 1.2

• 20. Juli 2017 : Erster Entwurf, NISO JATS, Version 1.2d1, veröffentlicht.  (2017-07-20)^{[ 14 ]}
• 23. Mai 2018 : Erster Entwurf, NISO JATS, Version 1.2d2, veröffentlicht.  (2018-05-23)^{[ 15 ]}
• 8. Februar 2019 : ANSI/NISO Z39.96-2019, JATS: Journal Article Tag Suite, Version 1.2 veröffentlicht.  (2019-02-08)^{[ 16 ]}

NISO JATS, Version 1.3

• 7. Juli 2021 : ANSI/NISO Z39.96-2021, JATS: Journal Article Tag Suite, Version 1.3 veröffentlicht.  (2021-07-07)^{[ 17 ]}

NISO JATS, Version 1.4

• 31. Oktober 2024: ANSI/NISO Z39.96-2024, JATS: Journal Article Tag Suite, Version 1.4 veröffentlicht. ^{[ 18 ]}

Dieses Modell ist bewusst für Zeitschriftenartikel, wie sie typischerweise in STM-Zeitschriften zu finden sind , konzipiert und nicht für ganze Zeitschriften. ^{[ 19 ]}

Es gibt drei Tag-Sets:

Zeitschriftenarchivierung und -austausch ( Grün )

„Das freizügigste der Tag-Sets“ ^{[ 20 ]} , das primär für die Erfassung und Archivierung vorhandener Zeitschriftendaten gedacht ist.

Zeitschriftenveröffentlichung ( Blau )​

Ein „mäßig präskriptives Tag-Set“ ^{[ 20 ]} , das für den allgemeinen Gebrauch bei der Zeitschriftenproduktion und -veröffentlichung gedacht ist.

Formal gesehen ist dieses Modell eine Teilmenge des Archivierungsmodells . Dies ist die am häufigsten verwendete JATS-Variante.

Artikelverfassung ( Orange )​

„Das am strengsten vorgeschriebene [engste und kleinste] der Tag-Sets“, ^{[ 20 ]} gedacht für die relativ einfache Erstellung von Zeitschriftenartikeln, die für JATS gültig sind.

Formal gesehen ist dieses Modell eine Teilmenge des Publishing- Modells.

Dokumenttypdefinitionen (die auch in Form von RELAX NG und XML-Schema veröffentlicht werden ) definieren jeden Satz und integrieren andere Standards wie MathML und XHTML Tables (wenn auch nicht im XHTML- Namensraum ).

Das JATS Publishing Set definiert ein Dokument, das einen Hauptbestandteil einer Zeitschrift darstellt, wie beispielsweise einen Artikel, eine Buch- oder Produktrezension oder einen Leserbrief. Jedes dieser Dokumente besteht aus einem obligatorischen Vorspann und bis zu drei optionalen Teilen. ^{[ 19 ]} Diese müssen in der folgenden Reihenfolge erscheinen:

Vorwort

Die Artikelvorderseite enthält die Metadaten des Artikels (auch Artikelkopfdaten genannt), beispielsweise den Artikeltitel, die Zeitschrift, in der er erscheint, das Erscheinungsdatum und die Ausgabe dieser Zeitschrift, einen Copyright-Vermerk usw. Sowohl Metadaten auf Artikel- als auch auf Ausgabeebene (im Element <article-meta>) sowie Metadaten auf Zeitschriftenebene (im Element <journal-meta>) können erfasst werden.

Hauptteil (des Artikels)

Der Hauptteil des Artikels umfasst den wichtigsten Text- und Grafikinhalt. Er besteht üblicherweise aus Absätzen und Abschnitten, die ihrerseits Abbildungen, Tabellen, Infoboxen (Textkästen) usw. enthalten können. Der Hauptteil ist optional, um Repositories zu berücksichtigen, die lediglich die Artikelkopfdaten speichern und den Textinhalt nicht auszeichnen.

Anhang

Sofern vorhanden, enthält der Anhang des Artikels ergänzende Informationen zum Haupttext, wie beispielsweise ein Glossar, einen Anhang oder eine Liste der zitierten Referenzen.

Schwimmendes Material

Ein Verlag kann alle schwebenden Objekte eines Artikels und seines Anhangs (wie Tabellen, Abbildungen, Textkästen usw.) zur einfacheren Verarbeitung in einem separaten Container-Element außerhalb des Fließtextes platzieren. ^{[ 19 ]}

Im Anschluss an Vorder-, Haupt-, Rück- und Zusatzmaterial können entweder eine oder mehrere Antworten auf den Artikel oder ein oder mehrere Unterartikel folgen. ^{[ 19 ]}

Dies ist die minimale Struktur eines Artikels.

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <!DOCTYPE article  PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.0 20120330//EN"  "JATS-journalpublishing1.dtd" > <article dtd-version= "1.0" article-type= "article" specific-use= "migrated" xmlns:mml= "http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink= "http://www.w3.org/1999/xlink" > <front> ... </front> <body> ... </body> <back> ... </back> </article>

Der DOCTYPEHeader ist optional; er stammt noch aus der Zeit von SGML und DTD- orientierten Validatoren . Das dtd-versionAttribut kann auch ohne DTD-Header verwendet werden.

Das Wurzelelement articleist für alle Versionen von JATS bzw. der „JATS-Familie“ sowie für NLM-DTDs identisch. Die Regeln für frontdie Validierung bodyvon backTags hängen von der jeweiligen JATS-Version ab, jedoch weisen alle Versionen eine ähnliche Struktur auf und sind über verschiedene Jahre hinweg gut kompatibel. Die Weiterentwicklung des Schemas gewährleistet eine hohe Stabilität.

Weniger gebräuchlich sind die Varianten „nur front“, „nur frontund “ sowie „nur back“ für andere Zwecke als die vollständige Inhaltsdarstellung. Die allgemeine Artikelstruktur (als DTD-Inhaltsausdruck ) ist

 (Vorderseite, Hauptteil?, Rückseite?, Gleitgruppen?, (Unterartikel* | Antwort*)) 

Es gibt eine Vielzahl von Werkzeugen zum Erstellen, Bearbeiten, Konvertieren und Transformieren von JATS. Diese reichen von einfachen Formularen ^{[ 21 ]} bis hin zur vollständigen Konvertierungsautomatisierung:

Man nehme ein wissenschaftliches Dokument als Eingabe und erzeuge mit etwas menschlicher Unterstützung ein JATS-Ergebnis.

• OpenOffice ( LibreOffice )- und MS Word- Dokumente zu JATS:
  • Typeset: bietet einen automatisierten Satz von Konvertern für MS-Word zu JATS XML .
  • OxGarage : ^{[ 22 ]} kann Dokumente aus verschiedenen Formaten in "National Library of Medicine (NLM) DTD 3.0" konvertieren.
  • meTypeset : meTypeset ^{[ 23 ]} "ist ein Fork des OxGarage-Stacks" "zur Konvertierung vom Microsoft Word .docx-Format in NLM/JATS-XML".
  • eXtyles : ^{[ 24 ]} automatisiert zeitaufwändige Aspekte der Dokumentbearbeitung in Microsoft Word und exportiert nach JATS XML (sowie in viele andere DTDs).
• Markdown zu JATS: Pandoc 2.0 kann eine Reihe von Eingabeformaten in JATS konvertieren. ^{[ 25 ]}
• PDF zu JATS: Dies ist ein sehr schwieriges Problem. Der Erfolg hängt davon ab, wie gut und – bei der Stapelkonvertierung – wie einheitlich Ihre PDFs strukturiert sind.
  • Shabash Merops ^{[ 26 ]}
  • Typesets PDF-zu-JATS-XML-Konverter
  • Das Public Knowledge Project ^{[ 27 ]} entwickelt eine Pipeline zur Konvertierung von PDF in JATS. Dabei wird pdfx zum Einsatz kommen . ^{[ 28 ]}
  • CERMINE Content Extractor und MINEr ^{[ 29 ]}

Nimm JATS als Eingabe und erzeuge eine andere Art von Dokument als Ausgabe.

• von JATS zu HTML
  • JATS-Vorschau-Stylesheets (kanonische XSLT- Konvertierung), siehe klassischer (2013) Konverter. ^{[ 30 ]}
  • eLife Lens ^{[ 31 ]} konvertiert NLM XML in JSON zur Anzeige mit HTML und Javascript.
• Von JATS zu PDF: einige JATS-Vorschau-Stylesheets, XSLT + XSL-FO-Konvertierung.
• von JATS zu EPUB. ^{[ 32 ]}
• Generisch (von JATS DTD): DtdAnalyzer ^{[ 33 ]} — vergleicht JATS mit anderen DTDs und hilft bei der Erstellung einer XML-Repräsentation, XSLT- und Schematron-Generierung sowie anderen Tools.

• Typeset bietet einen WYSIWYM -Editor für wissenschaftliche Artikel. Unterstützt XML-Exporte nach den Standards NISO JATS und NLM JATS. Es wird hauptsächlich von Zeitschriften und Verlagen verwendet, die von Autoren eingereichte MS-Word-Dateien in die Formate XML, PDF, HTML und ePub konvertieren möchten. ^{[ 34 ]}
• JATS-Framework für oXygen XML Editor: Benutzer von oXygen XML Editor und oXygen XML Author können nun Unterstützung für aktuelle Versionen von NISO JATS (und zusätzlich NLM BITS) installieren. Anhand einer in einer DOCTYPE-Deklaration angegebenen Kennung erkennt oXygen, dass Sie ein JATS-Dokument bearbeiten, und stellt Stylesheets und Hilfsprogramme bereit. ^{[ 35 ]}
• FontoXML für JATS: WYSIWYS-Editor zum Bearbeiten und Überprüfen von JATS-Inhalten: ^{[ 36 ]}
• PubRef "Pipeline": Browserbasierter JATS-Editor mit Echtzeitvorschau: ^{[ 37 ]}
• Annotum : ^{[ 38 ]} ein WordPress-Theme mit WYSIWYG-Autorenfunktion in JATS (Kipling-Subset), Peer-Review- und Redaktionsmanagement sowie Veröffentlichungsfunktion. ^{[ 39 ]}
• JATS-Edition für den webbasierten XML-Editor Xeditor .
• Texture Editor ^{[ 40 ]} des Substance Consortiums. ^{[ 41 ]} Der erste Online-Editor, der speziell für JATS entwickelt wurde. ^{[ 42 ]}
• Der von eLife entwickelte Libero Editor beschreibt sich selbst als „eine benutzerfreundliche Bearbeitungsoberfläche, die für Verlagsmitarbeiter und Autoren zur Erstellung hochwertiger JATS-XML-Dateien entwickelt wurde“.

Tools, die JATS als HTML rendern, normalerweise zur Laufzeit.

• JATS-Vorschau-Stylesheets: ^{[ 43 ]} Die JATS-Vorschau-Stylesheets sind eine Reihe von .xsl-, .xpl-, .css- und .sch-Dateien, die .html- oder .pdf-Versionen gültiger NISO Z39.96-2012 JATS 1.0-Dateien erzeugen. Sie sind primär für die interne Verwendung durch Verlage und als Grundlage für Anpassungen gedacht. ^{[ 44 ]}
• Typeset ermöglicht die Generierung von HTML aus JATS-XML mit einem Klick. Außerdem bietet es die Möglichkeit, benutzerdefiniertes HTML basierend auf den Anforderungen der Zeitschrift zu generieren. ^{[ 45 ]}
• PubReader – „Die PubReader-Ansicht ist eine alternative Webdarstellung … PubReader wurde speziell zur Verbesserung der Lesbarkeit auf Tablets und anderen Geräten mit kleinen Bildschirmen entwickelt, kann aber auch auf Desktop-Computern und Laptops sowie in verschiedenen Webbrowsern verwendet werden.“ ^{[ 46 ]}

• Jatsdoc erstellt Dokumentationen für jede beliebige JATS-Anpassung. Jatsdoc ist in den DtdAnalyzer des NCBI integriert . ^{[ 47 ] [ 48 ]}

Mit der Einführung des NISO JATS als faktischen und rechtlichen Standard für Open-Access-Zeitschriften hat die wissenschaftliche Gemeinschaft die JATS-Repositorien als eine Art Pflichtexemplar übernommen , die mitunter als wertvoller gelten als traditionelle digitale Bibliotheken, in denen lediglich eine PDF-Version gespeichert ist. Offenes Wissen benötigt reichhaltigere und strukturiertere Formate als JATS: PDF und JATS müssen als inhaltlich gleichwertig zertifiziert sein, und die Kombination „PDF+JATS“ bildet die Einheit des Pflichtexemplars. Liste der JATS-Repositorien und ihrer Inhalte:

• PubMed Central : (Bitte überprüfen Sie diese Zahlen)
  • US PubMed Central: im Jahr 2016 ~3,8 Millionen Artikel ^{[ 49 ]}
  • Europe PubMed Central : im Jahr 2016 ~3,7 Millionen Artikel ^{[ 50 ]}
• SciELO : im Jahr 2016 ~0,6 Millionen Artikel ^{[ 51 ]}

Diese Repositorien überschneiden sich, und derselbe Artikel kann in mehr als einem Repository vorhanden sein.

Es gab einige Bemühungen und Experimente mit RDF- Konvertierung im Jahr 2012 ^{[ 52 ]} , die jedoch keine Auswirkungen auf die JATS-Community hatten.

Später, etwa 2016, wurde im Kontext des Semantischen Webs mit der SchemaOrg- Initiative die Klasse ScholarlyArticle definiert, die eine bessere Akzeptanz fand. Sie stellt eine erste „JATS-ähnliche Standardisierung“ für RDF-Anwendungskontexte dar.

• Packer, Abel L.; Salgado, Eliana; Araujo, Javani; Aquino, Letícia; Almeida, Renata; Santos, Jesner; Lucena, Suely; Soares, Caroline M. (4. April 2014). „Warum XML?“ . SciELO in der Perspektive .
• Sharp, Molly (4. Juni 2013). „Strukturierte Dokumente für die Wissenschaft: JATS XML als kanonisches Inhaltsformat“ . PLOS Tech .

• NLM Journal Article Tag Suite – Informations- und Dokumentationsseite des NCBI.
• NISO JATS Version 1.1 (aktueller Standard):
  • Archivierungs- und Austausch -Tag-Bibliothek
  • Veröffentlichungs- Tag-Bibliothek
  • Tag-Bibliothek für Artikelerstellung
• Stile und Anpassungsmöglichkeiten:
  • SciELO Publishing Schema (SPS) – SciELO-Anpassung.
  • Richtlinien für die Kennzeichnung des von PubMed Central bevorzugten XML-Kennzeichnungsstils
  • ISO Standards Tag Set (ISOSTS) als Anpassung von NISO JATS
  • NISO Book Interchange Tag Suite (BITS) , basierend auf JATS.
  • TextureJATS , eine minimale kohärente Teilmenge von JATS.
• JATS offene Gemeinschaft:
  • "JATS for Reuse" (JATS4R) Community, Validator
  • SchemaOrg-Community, Wissenschaftlicher Artikel
  • PeerJs XML-JATS zu HTML5-Wissenschaftlicher Artikel